於污水處理廠淤泥及海底淤泥中檢出人類腸道病毒。以下針對水中常見四大病毒進行解說。
一、腸道病毒
腸道病毒（Enterovirus）屬小病毒科（Picomaviridae），包含小兒麻痺病毒（Poliovirus）、柯薩奇病毒A型（Coxsackievirus A）、柯薩奇病毒B型（Coxsackievirus B）及腸道細胞病原性人類孤兒病毒（Enteric Cytopathogenic Human Orphan virus，簡稱ECHO病毒）。腸道病毒在水環境中最為普遍，亦是水病毒學研究中最常被探討的病毒群。研究水體病毒學安全性時，常以腸道病毒作為代表，原因在於此類病毒感染患者排毒量大且排毒期長，腸道病毒對外部環境具強抗性、存活時間較長，除水體外亦可經其他途徑傳播，且較其他病毒更易檢測。
腸道病毒具有以下共同特性：①病毒顆粒呈球形，具二十面體立體對稱結構，直徑22～39奈米，無包膜；②核酸為單股正鏈RNA；③具醚類耐受性與酸耐受性（pH3～5），對膽汁、70%酒精、5%溶菌酶等常用消毒劑具抗性；對氧化劑（1%高錳酸鉀、1%雙氧水、氯系消毒劑）相對敏感。且對高溫、乾燥及紫外線敏感，經56℃加熱30分鐘即可失活。病毒可在糞便與污水中存活數月。④此類病毒均於腸道內增殖，侵入血液後引發病毒血症，進而誘發多種臨床症候群。
1、脊髓灰質炎病毒
本病毒為直徑8～30奈米的球形微小病毒，歸類於腸病毒屬。脊髓灰質炎屬急性傳染病，發病後伴隨發熱與四肢疼痛，主要病變發生於神經系統，部分患者會引發麻痹，重症者可能遺留麻痹後遺症。因本病多見於兒童，故亦稱小兒麻痺症。
感染者經鼻咽分泌物及糞便排出病毒。由於食物與水源可能遭糞便污染，經口攝入為主要感染途徑。若水源遭污染，恐引發大規模流行。
此病毒具極強環境存活力，可在水體與糞便中存活數月，低溫環境下更可長期保存，但對高溫與乾燥相對敏感。經60℃加熱或紫外線照射0.5至1小時即可失活。各類氯系消毒劑、2%碘酊、甲醛、汞製劑等亦具一定消毒效果。以0.3～0.5mg/L殘留氯進行1小時接觸消毒即可滅活。
2、其他腸道病毒
除小兒麻痺病毒外，腸道病毒尚包含柯薩奇病毒與埃可病毒。此類病毒同樣全球廣泛分布，主要侵襲兒童族群。普遍於夏秋季易流行。皆具暫時定植於人體腸道的特性。此類病毒體積較小，直徑通常低於30奈米，具強耐受性，可耐受乙醚、70%乙醇、5%鉀酚皂溶液，但對氧化劑極敏感。
此類病毒引發的臨床症狀複雜多變，同種病毒可能誘發不同症候群，而不同病毒型別亦可能呈現相似臨床表現。主要症狀包括：無菌性腦膜炎、腦炎；急性心肌炎及心包炎；流行性胸痛；疱疹性咽喉炎；發疹性疾病；呼吸道感染；兒童腹瀉症等。
二、肝炎病毒
病毒性肝炎通常分為甲型肝炎（傳染性肝炎或短潛伏期肝炎）與乙型肝炎（血清性肝炎或潛伏期肝炎），兩者病理變化與臨床症狀基本相同。主要臨床症狀為食慾減退、噁心、上腹部不適（或肝區痛）、倦怠感等，部分患者伴有黃疸及發熱。多數病例可見肝腫大與肝功能異常。
甲型肝炎病毒（hepatitis A virus, HAV）在形態上與同屬其他成員顯著不同，屬小型RNA病毒。1981年曾歸類於腸病毒屬第72型，近年因多項特徵與腸病毒相異，已重新歸類至肝炎病毒科（Hepamavirus）。
甲型肝炎病毒主要經糞便排出並透過口服途徑傳播。當水源或食物遭污染時，可能引發群聚感染。
此類病毒對常見化學消毒劑具高度耐受性，於乾燥或冷凍環境中可存活數月至數年。經紫外線照射1小時或蒸煮30分鐘以上即可滅活，氯消毒亦具一定滅活效果。
三、輪狀病毒
輪狀病毒（Rotavirus）歸類於旋病毒科（Reoviridae）輪狀病毒屬（Rotavirus）。1973年由澳洲Bishop等人首度自腹瀉患者十二指腸上皮細胞中分離發現。輪狀病毒顆粒呈球形，具雙層包膜，各層呈現二十面體結構。內層殼粒沿病毒體邊緣呈放射狀排列，形似車輪輻條。完整病毒體大小約70～75奈米，無外殼的粗粒型粒子則為50～60奈米。具雙層外殼的病毒體具有感染性。
輪狀病毒是全球兒童急性腹瀉最常見病因之一，據估計全球每年逾1億4000萬名兒童罹患輪狀病毒腸胃炎，其中數十萬名兒童因此死亡。由於流行高峰主要集中於秋冬季，故常被稱為「秋季腹瀉」。
輪狀病毒對多種物理化學因子具高度耐受性，可在糞便中存活數日至數月。即使經乙醚、氯仿、反覆凍融、超音波處理，或於37℃下處理1小時、室溫(25℃)下處理24小時等處理後，仍能保持感染性。本病毒耐酸鹼性強，在pH值3.5至10.0範圍內仍具傳染力。以95%乙醇消毒最為有效，亦可透過56℃加熱30分鐘使其失活。
輪狀病毒主要經口-糞便途徑傳播，透過攝入受污染飲用水或食物，或接觸受污染物體而感染。1981年美國科羅拉多州爆發的輪狀病毒大規模疫情，即與自來水污染相關。1982年後中國曾數度發生數百人感染的B型輪狀病毒大規模流行，皆因飲用水遭污水污染所致。
四、嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒（SARS-CoV）
2002年底，中國廣東省確診首例嚴重急性呼吸道症候群（Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS，俗稱非典型肺炎）病例。至2003年6月，SARS疫情擴散至380個國家與地區，累計確診病例逾8,000例，死亡人數超過800人。初期症狀表現為38℃以上高燒、畏寒、頭痛、倦怠感及肌肉疼痛，後期則出現無痰乾咳與呼吸困難。主要傳播途徑為飛沫感染，亦確認存在經受呼吸道分泌物污染的手部接觸口鼻眼部的傳播途徑。
根據現有研究證實，SARS病原體為SARS冠狀病毒，屬冠狀病毒科死病毒目，屬單股RNA病毒。病毒直徑介於80至140奈米之間。
未經處理的污水中曾檢出逾百種病毒，其中部分病毒源自人類排泄物。人體每克排泄物可排出逾百萬個病毒，污水中具傳染性的病毒粒子濃度甚至可達每公升五十萬個。這些病毒皆為疾病爆發的根源。欲降低發病率，除注重個人衛生與食品衛生外，更關鍵的是從源頭著手，淨化水質並減少生活污水與工業廢水的流入。