飲水機的清洗消毒作業，夏季每三個月、冬季每半年實施最為理想。開封後的瓶裝水逾十五日即不宜飲用。機體內部水箱易成為細菌滋生的溫床
儘管飲水機在許多家庭普及，但「二次污染」問題仍是困擾。
結構上，飲水機內部設有溫水槽與冷水槽兩大儲水槽，其功能在於沉澱水中的雜質。通常飲用完一瓶水後，僅更換新瓶便結束，往往忽略瓶裝式飲水機槽內殘留約1000毫升的水。長期如此，水槽將成為細菌溫床。若有人長期腹瀉卻查不出病因，其實飲水機可能是嫌疑犯。因此當飲水機遭污染時，即便水質再純淨也毫無意義。
那麼，如何確保飲水機使用安全又健康？
首要原則是勿被廉價飲水機迷惑。百貨超市銷售人員常向消費者推薦低價機種，此類產品往往潛藏諸多安全隱患。消費者切勿被低價誘惑，購置時務必冷靜自問：「如此低廉的價格真能保證品質嗎？」
購買前應要求銷售人員將滿水瓶放置於機體上，確認機身不會因瓶身衝擊或壓力而變形。關閉水龍頭時無滴水現象，開啟後水流順暢且瓶內可見氣泡上升。集水盤需可輕鬆拆卸，各接合處無滲漏，所有開關操作靈敏精準且反應明確。通電後各指示燈應正常亮起。
其次應優先選擇具備抗菌設計的產品。病菌多從口部侵入，飲用水品質至關重要。然而多數飲水機存在通氣孔、機體及出水口等「接觸面」污染問題。消費者購置時宜諮詢銷售人員，確認產品是否採用抗菌設計。
當前具備抗菌設計的飲水機，多於出水口加裝防護門，有效降低飲用水受污染風險。部分機種更於門體內部搭載正負離子殺菌技術，既能阻隔空氣中塵埃煙霧污染水質，亦可抑制飲水機內部細菌病毒滋生。
第三，養成定期清洗淨水器習慣。所有機械設備隨使用時間累積污垢，淨水器亦不例外。通常淨水器底座與出水口是主要污垢堆積處，若長期未清潔，這些污垢將導致細菌大量繁殖，或使重金屬等有害物質沉積。