子宮外孕的成因尚未完全釐清，但主要因素被認為是輸卵管異常。
曾患慢性輸卵管炎、闌尾炎、骨盆結核、腹膜炎或子宮內膜異位症的患者，可能因輸卵管癒合、狹窄或部分阻塞而引發子宮外孕。此外，輸卵管發育不全會影響受精卵正常移動，先天性畸形如輸卵管憩室或副傘結構亦可能導致子宮外孕。
除輸卵管異常外，受精卵游走亦是致病因素。卵子於單側輸卵管受精後，受精卵需經子宮腔移動至對側輸卵管，過程中可能於腹腔內游走。若游走時間過長，受精卵持續增大發育，即可能引發輸卵管妊娠。避孕失敗亦是導致輸卵管妊娠的成因之一。
現今許多女性使用避孕環（俗稱「環狀避孕裝置」），若避孕環失效，將大幅提高子宮外孕風險。此外，使用黃體酮含量偏低的避孕藥可能導致輸卵管蠕動異常，進而引發輸卵管妊娠。若使用含大量雌激素的緊急避孕藥失敗而懷孕，同樣會增加輸卵管妊娠風險。