Точні причини позаматкової вагітності залишаються нез'ясованими, хоча основним фактором, що сприяє її розвитку, є, ймовірно, аномалії фаллопієвих труб.
У пацієнток з хронічним сальпінгітом, апендицитом, туберкульозом органів малого таза, перитонітом або ендометріозом в анамнезі можуть розвинутися спайки, звуження або часткова непрохідність труб, що збільшує ризик позаматкової вагітності.Крім того, недорозвинені фаллопієві труби можуть перешкоджати нормальному просуванню заплідненої яйцеклітини. Вроджені аномалії, такі як дивертикули труб або додаткові фімбрії, також можуть сприяти позаматковій вагітності.
Якщо аномалії труб не є причиною, позаматкова вагітність може бути наслідком блукання заплідненої яйцеклітини. Після запліднення в одній фаллопієвій трубі запліднена яйцеклітина може пройти через порожнину матки в протилежну трубу, імплантуючись там. Якщо вона згодом мігрує через черевну порожнину протягом тривалого періоду, зростаючий ембріон може імплантуватися в фаллопієву трубу. Невдача контрацепції є ще одним фактором, що сприяє позаматковій вагітності.
Зараз багато жінок використовують внутрішньоматкові спіралі (ВМС) для контрацепції, що зазвичай називають «встановленням ВМС». Однак, якщо контрацепція за допомогою ВМС не спрацьовує, ризик позаматкової вагітності збільшується.Деякі протизаплідні таблетки з низьким вмістом прогестогену також можуть викликати аномальні скорочення труб, що призводить до позаматкової вагітності. Ті, хто завагітніли після невдалої контрацепції з використанням екстреної контрацепції з високим вмістом естрогену, також стикаються з підвищеним ризиком трубної вагітності.