Ektopik gebeliğin kesin nedenleri hala belirsizdir, ancak başlıca etken faktör muhtemelen fallop tüpü anormallikleridir.
Kronik salpingit, apandisit, pelvik tüberküloz, peritonit veya endometriozis öyküsü olan hastalarda tüp yapışıklıkları, daralma veya kısmi tıkanıklıklar gelişebilir ve bu da ektopik gebelik riskini artırabilir.Ayrıca, gelişmemiş fallop tüpleri döllenmiş yumurtanın normal ilerlemesini engelleyebilir. Tüp divertikülü veya aksesuar fimbriæ gibi konjenital anomaliler de ektopik gebeliğe katkıda bulunabilir.
Tüp anormallikleri neden değilse, ektopik gebelik, dolaşan döllenmiş yumurtadan kaynaklanabilir. Bir fallop tüpünde döllenmeden sonra, döllenmiş yumurta rahim boşluğunu geçerek karşı tüpte implantasyon yapabilir veya karın boşluğu içinde dolaşabilir. Uzun süreli göç, gelişen embriyonun büyümesine ve potansiyel olarak tüp gebeliğine yol açabilir. Kontraseptif başarısızlığı da başka bir faktördür.
Günümüzde birçok kadın doğum kontrolü için rahim içi araçlar (RİA) kullanmaktadır. Ancak, RİA ile doğum kontrolü başarısız olursa, ektopik gebelik riski artar.Daha düşük progestojen dozuna sahip bazı doğum kontrol hapları da anormal tüp kasılmalarına neden olarak ektopik gebeliğe yol açabilir. Yüksek östrojen seviyeleri içeren acil kontrasepsiyonun gebeliği önleyememesi de benzer şekilde tüp gebeliği riskini artırır.