Natančni vzroki zunajmaternične nosečnosti ostajajo nejasni, čeprav je verjetno, da je glavni dejavnik, ki prispeva k temu, anomalija jajcevodov.
Bolnice z anamnezo kroničnega salpingitisa, slepiča, tuberkuloze medenice, peritonitisa ali endometrioze lahko razvijejo adhezije jajcevodov, zožitve ali delne blokade, kar poveča tveganje za zunajmaternično nosečnost.Poleg tega lahko nerazvite jajcevodi ovirajo normalno potovanje oplojenega jajčeca. K zunajmaternični nosečnosti lahko prispevajo tudi prirojene anomalije, kot so jajcevodni divertikuli ali dodatne fimbriae.
Kadar anomalije jajcevodov niso vzrok, lahko zunajmaternična nosečnost nastane zaradi potujočega oplojenega jajčeca. Po oploditvi v enem jajcevodu lahko oplojeno jajčece prečka maternično votlino v nasprotni jajcevod, se tam ugnezdi ali potuje v trebušni votlini. Podaljšano potovanje omogoča razvoju zarodka, da se poveča, kar lahko vodi do jajcevodne nosečnosti. Neuspešno kontracepcijo je še en dejavnik, ki prispeva k temu.
Mnoge ženske danes za kontracepcijo uporabljajo intrauterine naprave (IUD), ki se pogosto imenujejo „vstavljene IUD“. Vendar pa se v primeru neuspešne kontracepcije z IUD poveča tveganje za zunajmaternično nosečnost.Nekatere kontracepcijske tablete z nižjimi odmerki progestogena lahko prav tako povzročijo nenormalne kontrakcije jajcevodov, kar vodi do zunajmaternične nosečnosti. Tiste, ki zanosijo po neuspešni kontracepciji z nujno kontracepcijo, ki vsebuje visoke ravni estrogena, so prav tako izpostavljene povečanemu tveganju za jajcevodno nosečnost.