Presné príčiny mimomaternicového tehotenstva zostávajú nejasné, hoci primárnym prispievajúcim faktorom sú pravdepodobne abnormality vajcovodov.
Pacientky s anamnézou chronickej salpingitídy, apendicitídy, panvovej tuberkulózy, peritonitídy alebo endometriózy môžu vyvinúť adhézie, zúženie alebo čiastočné blokády vajcovodov, čím sa zvyšuje riziko mimomaternicového tehotenstva.Okrem toho, nedostatočne vyvinuté vajcovody môžu brániť normálnemu vývoju oplodneného vajíčka. K mimomaternicovému tehotenstvu môžu prispievať aj vrodené abnormality, ako sú divertikuly vajcovodov alebo prídavné fimbrie.
Ak príčinou nie sú abnormality vajíčkovodov, mimomaternicové tehotenstvo môže byť dôsledkom putovania oplodneného vajíčka. Po oplodnení v jednom vajíčkovode môže oplodnené vajíčko prejsť cez maternicovú dutinu do opačného vajíčkovodu, kde sa implantuje, alebo putovať v brušnej dutine. Predĺžené putovanie umožňuje rastúceho embrya zväčšiť sa, čo môže viesť k mimomaternicovému tehotenstvu. Ďalším prispievajúcim faktorom je zlyhanie antikoncepcie.
Mnoho žien v súčasnosti používa na antikoncepciu vnútromaternicové telieska (IUD), bežne označované ako „IUD“. Ak však antikoncepcia s IUD zlyhá, riziko mimomaternicového tehotenstva sa zvyšuje.Niektoré antikoncepčné tabletky s nižšou dávkou progestogénu môžu tiež spôsobiť abnormálne kontrakcie vajíčkovodu, čo vedie k mimomaternicovému tehotenstvu. Zlyhanie núdzovej antikoncepcie s vysokým obsahom estrogénu na prevenciu tehotenstva podobne zvyšuje riziko tehotenstva vo vajíčkovode.