As causas exatas da gravidez ectópica permanecem obscuras, embora o principal fator contribuinte seja provavelmente anomalias nas trompas de Falópio.
Pacientes com histórico de salpingite crónica, apendicite, tuberculose pélvica, peritonite ou endometriose podem desenvolver aderências tubárias, estreitamento ou bloqueios parciais, aumentando assim o risco de gravidez ectópica.Além disso, trompas de Falópio subdesenvolvidas podem impedir a progressão normal do óvulo fertilizado. Anomalias congénitas, como divertículos tubários ou fímbrias acessórias, também podem contribuir para a gravidez ectópica.
Quando as anomalias tubárias não são a causa, a gravidez ectópica pode resultar de um óvulo fertilizado errante. Após a fertilização numa trompa de Falópio, o óvulo fertilizado pode atravessar a cavidade uterina para a trompa oposta, implantando-se. Se, posteriormente, migrar dentro da cavidade abdominal durante um período prolongado, o embrião em crescimento pode levar à gravidez tubária. A falha contraceptiva é outro fator contribuinte.
Muitas mulheres agora usam dispositivos intrauterinos (DIUs) para contraceção, comumente referidos como "colocação de DIU". No entanto, se a contraceção falhar com um DIU, o risco de gravidez ectópica aumenta.Certas pílulas contraceptivas com doses mais baixas de progestogénio também podem causar contrações tubárias anormais, levando à gravidez ectópica. A falha da contraceção de emergência com altos níveis de estrogénio para prevenir a gravidez aumenta de forma semelhante o risco de gravidez tubária.