Dokładne przyczyny ciąży pozamacicznej pozostają niejasne, chociaż głównym czynnikiem przyczyniającym się do jej wystąpienia są prawdopodobnie nieprawidłowości jajowodów.
U pacjentek z przewlekłym zapaleniem jajowodów, zapaleniem wyrostka robaczkowego, gruźlicą miednicy, zapaleniem otrzewnej lub endometriozą w wywiadzie mogą wystąpić zrosty jajowodów, zwężenia lub częściowe niedrożności, co zwiększa ryzyko ciąży pozamacicznej.Ponadto niedorozwój jajowodów może utrudniać normalny przebieg zapłodnienia komórki jajowej. Wrodzone nieprawidłowości, takie jak uchyłki jajowodów lub dodatkowe rzęski, również mogą przyczyniać się do ciąży pozamacicznej.
W przypadku gdy przyczyną nie są nieprawidłowości jajowodów, ciąża pozamaciczna może wynikać z przemieszczania się zapłodnionej komórki jajowej. Po zapłodnieniu w jednym jajowodzie zapłodniona komórka jajowa może przemieścić się przez jamę macicy do przeciwległego jajowodu, zagnieździć się tam lub przemieszczać się w jamie brzusznej. Długotrwała migracja pozwala rozwijającemu się zarodkowi na powiększanie się, co może prowadzić do ciąży pozamacicznej. Kolejnym czynnikiem przyczyniającym się do tego zjawiska jest nieskuteczność środków antykoncepcyjnych.
Wiele kobiet stosuje obecnie wkładki domaciczne (IUD) jako środek antykoncepcyjny, powszechnie określane jako „wkładki domaciczne”. Jednak w przypadku niepowodzenia antykoncepcji z użyciem wkładki domacicznej wzrasta ryzyko ciąży pozamacicznej.Niektóre tabletki antykoncepcyjne o niższej dawce progestagenu mogą również powodować nieprawidłowe skurcze jajowodów, prowadząc do ciąży pozamacicznej. Niepowodzenie antykoncepcji awaryjnej zawierającej wysokie poziomy estrogenu w zapobieganiu ciąży również zwiększa ryzyko ciąży jajowodowej.