Tikslios negimdinio nėštumo priežastys lieka neaiškios, tačiau pagrindinis veiksnys greičiausiai yra kiaušintakių anomalijos.
Pacientėms, turinčioms lėtinio salpingito, apendicito, dubens tuberkuliozės, peritonito ar endometriozės istoriją, gali išsivystyti kiaušintakių sąaugos, susiaurėjimas ar dalinis užsikimšimas, dėl to padidėja negimdinio nėštumo rizika.Be to, neišsivysčiusios kiaušintakės gali trukdyti normaliam apvaisinto kiaušinėlio vystymuisi. Į negimdinį nėštumą taip pat gali įtakos turėti įgimtos anomalijos, pvz., kiaušintakių divertikulai ar papildomos fimbrijos.
Jei kiaušintakių anomalijos nėra priežastis, negimdinis nėštumas gali atsirasti dėl klajojančio apvaisinto kiaušinėlio. Po apvaisinimo viename kiaušintakyje apvaisintas kiaušinėlis gali pereiti per gimdos ertmę į kitą kiaušintakį, implantuotis ten arba klajoti pilvo ertmėje. Ilgalaikė migracija leidžia besivystančiam embrionui didėti, o tai gali sukelti kiaušintakio nėštumą. Kontraceptikų neveiksmingumas yra dar vienas veiksnys.
Daugelis moterų dabar kontracepcijai naudoja gimdos vidaus įtaisus (IUD), dažniausiai vadinamus „įdėtu IUD“. Tačiau jei kontracepcija su IUD nepavyksta, padidėja negimdinio nėštumo rizika.Tam tikros kontraceptinės tabletės su mažesne progestogeno doze taip pat gali sukelti nenormalias kiaušintakių susitraukimus, dėl kurių atsiranda negimdinis nėštumas. Negimdinio nėštumo riziką taip pat didina didelio estrogeno kiekio turinčios skubios kontracepcijos priemonės, kurios nesugeba užkirsti kelio nėštumui.