난관 임신의 원인은 아직 명확히 밝혀지지 않았으나, 주요 가능성으로는 난관 이상이 꼽힙니다.
환자가 과거에 만성 난관염, 맹장염, 골반 결핵, 복막염 및 자궁내막증 등을 앓은 경우 난관 유착, 협착, 부분적 폐쇄가 발생하여 난관 임신이 발생할 수 있습니다.또한 난관 발육 부전 역시 수정란의 정상적인 이동에 영향을 미칠 수 있으며, 난관 게실이나 부난관(副傘) 등의 선천적 기형 역시 난관 임신을 유발할 수 있습니다.
난관 이상이 아닌 경우, 수정란 유착이 원인일 수 있습니다. 난자가 한쪽 난관에서 수정되어 수정란이 된 후 자궁강을 거쳐 반대쪽 난관으로 이동하여 착상되지만, 복강 내에서 장시간 유착되면서 수정란이 성장·증대되면 자궁외임신(난관임신)을 유발할 수 있습니다. 피임 실패 역시 자궁외임신의 원인 중 하나입니다.
현재 많은 여성들이 피임용 자궁 내 장치(IUD)를 사용하는데, 흔히 '링 삽입'이라 불립니다. 그러나 이 방법으로 피임에 실패할 경우 자궁외 임신 발생 가능성이 높아집니다.또한 일부 피임약의 프로게스테론 함량이 낮은 경우에도 난관 연동 운동이 이상을 일으켜 난관임신이 발생할 수 있습니다. 다량의 에스트로겐을 함유한 응급피임약으로 피임에 실패하고 임신한 경우에도 난관임신 발생률이 높아집니다.