子宮外妊娠の原因は未だ明確ではありませんが、主な要因は卵管の異常と考えられています。
慢性卵管炎、虫垂炎、骨盤結核、腹膜炎、子宮内膜症の既往歴がある患者では、卵管の癒着・狭窄・部分閉塞が生じ、子宮外妊娠を引き起こす可能性があります。また、卵管の発育不全も受精卵の正常な移動に影響を及ぼし、卵管憩室や副傘などの先天性奇形も子宮外妊娠の原因となり得ます。
卵管異常以外の原因としては、受精卵の遊走が考えられます。卵子が片側の卵管で受精した後、受精卵は子宮腔を経て反対側の卵管へ移動し、腹腔内で遊走します。遊走時間が長くなると受精卵が成長・増大し、卵管妊娠を引き起こす可能性があります。避妊失敗も卵管妊娠の一因となります。
現在多くの女性が避妊リング（通称「リング挿入」）を使用していますが、避妊リングによる避妊が失敗した場合、子宮外妊娠のリスクが高まります。また、プロゲステロン含有量が低い避妊薬を使用した場合、卵管の蠕動運動が異常をきたし、卵管妊娠を引き起こす可能性があります。大量のエストロゲンを含む緊急避妊薬の使用に失敗して妊娠した場合も、卵管妊娠のリスクが高まります。