Le cause esatte della gravidanza ectopica rimangono poco chiare, anche se il fattore principale che contribuisce è probabilmente l'anomalia delle tube di Falloppio.
Le pazienti con una storia di salpingite cronica, appendicite, tubercolosi pelvica, peritonite o endometriosi possono sviluppare aderenze tubariche, restringimenti o blocchi parziali, aumentando così il rischio di gravidanza ectopica.Inoltre, le tube di Falloppio sottosviluppate possono impedire il normale avanzamento dell'ovulo fecondato. Anche anomalie congenite come diverticoli tubarici o fimbrie accessorie possono contribuire alla gravidanza ectopica.
Quando le anomalie tubariche non sono la causa, la gravidanza ectopica può essere il risultato di un ovulo fecondato vagante. Dopo la fecondazione in una tuba di Falloppio, l'ovulo fecondato può attraversare la cavità uterina ed entrare nella tuba opposta, impiantarsi lì o vagare all'interno della cavità addominale. Una migrazione prolungata consente all'embrione in via di sviluppo di ingrandirsi, portando potenzialmente a una gravidanza tubarica. Il fallimento contraccettivo è un altro fattore che contribuisce.
Molte donne oggi utilizzano dispositivi intrauterini (IUD) come contraccettivi, comunemente denominati "IUD inseriti". Tuttavia, se la contraccezione con IUD fallisce, il rischio di gravidanza ectopica aumenta.Anche alcune pillole contraccettive con dosi inferiori di progestinico possono causare contrazioni tubariche anomale, portando a una gravidanza extrauterina. Il fallimento della contraccezione d'emergenza contenente alti livelli di estrogeni nel prevenire la gravidanza aumenta analogamente il rischio di gravidanza tubarica.