Les causes exactes de la grossesse extra-utérine restent floues, mais le principal facteur contributif est probablement une anomalie des trompes de Fallope.
Les patientes ayant des antécédents de salpingite chronique, d'appendicite, de tuberculose pelvienne, de péritonite ou d'endométriose peuvent développer des adhérences, un rétrécissement ou des obstructions partielles des trompes, ce qui augmente le risque de grossesse extra-utérine.De plus, des trompes de Fallope sous-développées peuvent empêcher la progression normale de l'ovule fécondé. Des anomalies congénitales telles que des diverticules tubaires ou des fimbriae accessoires peuvent également contribuer à une grossesse extra-utérine.
Lorsque les anomalies tubaires ne sont pas en cause, la grossesse extra-utérine peut résulter d'un ovule fécondé errant. Après la fécondation dans une trompe de Fallope, l'ovule fécondé peut traverser la cavité utérine pour atteindre la trompe opposée, s'y implanter ou errer dans la cavité abdominale. Une migration prolongée permet à l'embryon en développement de grossir, ce qui peut entraîner une grossesse tubaire. L'échec contraceptif est un autre facteur contributif.
De nombreuses femmes utilisent aujourd'hui des dispositifs intra-utérins (DIU) comme moyen de contraception, communément appelés « stérilets ». Cependant, en cas d'échec de la contraception avec un DIU, le risque de grossesse extra-utérine augmente.Certaines pilules contraceptives à faible dose de progestatif peuvent également provoquer des contractions tubaires anormales, entraînant une grossesse extra-utérine. Les femmes qui tombent enceintes après un échec contraceptif avec une contraception d'urgence à forte teneur en œstrogènes courent également un risque accru de grossesse tubaire.