Kohdunulkoisen raskauden tarkat syyt ovat edelleen epäselvät, mutta ensisijainen vaikuttava tekijä on todennäköisesti munanjohtimen poikkeavuudet.
Potilailla, joilla on krooninen salpingiitti, umpilisäke, lantion tuberkuloosi, peritoniitti tai endometrioosi, voi kehittyä munanjohtimen kiinnikkeitä, kaventumia tai osittaisia tukoksia, mikä lisää kohdunulkoisen raskauden riskiä.Lisäksi kehittymättömät munanjohtimet voivat estää hedelmöitetyn munasolun normaalia etenemistä. Synnynnäiset poikkeavuudet, kuten munanjohtimen divertikula tai lisäfimbriat, voivat myös vaikuttaa kohdunulkoiseen raskauteen.
Jos munajohtimien poikkeavuudet eivät ole syynä, kohdunulkoinen raskaus voi johtua hedelmöitetyn munasolun harhailusta. Hedelmöittymisen jälkeen yhdessä munajohtimessa hedelmöitetty munasolu voi kulkeutua kohdun ontelon läpi vastakkaiseen munajohtimeen, kiinnittyä sinne tai harhailla vatsaontelossa. Pitkittynyt kulkeutuminen antaa kehittyvälle alkioille mahdollisuuden kasvaa, mikä voi johtaa munajohtimen raskauteen. Ehkäisymenetelmän epäonnistuminen on toinen vaikuttava tekijä.
Monet naiset käyttävät nykyään ehkäisyyn kohdunsisäisiä ehkäisyvälineitä (IUD), joita kutsutaan yleisesti "IUD-laitteiksi". Jos ehkäisy epäonnistuu IUD:n kanssa, kohdunulkoisen raskauden riski kasvaa.Tietyt ehkäisypillerit, joissa on pienempi progestogeeniannos, voivat myös aiheuttaa epänormaaleja munanjohtimen supistuksia, mikä johtaa kohdunulkoiseen raskauteen. Korkean estrogeenipitoisuuden sisältävän hätäehkäisyn epäonnistuminen raskauden ehkäisyssä lisää samalla tavalla munanjohtimen raskauden riskiä.