Přesné příčiny mimoděložního těhotenství zůstávají nejasné, ale hlavním přispívajícím faktorem jsou pravděpodobně abnormality vejcovodů.
U pacientek s anamnézou chronické salpingitidy, apendicitidy, pánevní tuberkulózy, peritonitidy nebo endometriózy může dojít k tvorbě srůstů, zúžení nebo částečnému zablokování vejcovodů, což zvyšuje riziko mimoděložního těhotenství.Kromě toho mohou nedostatečně vyvinuté vejcovody bránit normálnímu vývoji oplodněného vajíčka. K mimoděložnímu těhotenství mohou přispívat také vrozené vady, jako jsou vejcovodní divertikuly nebo přídatné fimbrie.
Pokud příčinou nejsou abnormality vejcovodů, může mimoděložní těhotenství vzniknout v důsledku bloudění oplodněného vajíčka. Po oplodnění v jednom vejcovodu může oplodněné vajíčko projít děložní dutinou do protilehlého vejcovodu, kde se uhnízdí, nebo bloudit v břišní dutině. Prodloužená migrace umožňuje rozvíjejícímu se embryu zvětšit se, což může vést k vejcovodnímu těhotenství. Dalším přispívajícím faktorem je selhání antikoncepce.
Mnoho žen dnes používá k antikoncepci nitroděložní tělíska (IUD), běžně označovaná jako „IUD“. Pokud však antikoncepce s IUD selže, riziko mimoděložního těhotenství se zvyšuje.Některé antikoncepční pilulky s nižšími dávkami progestogenu mohou také způsobit abnormální kontrakce vejcovodů, což vede k mimoděložnímu těhotenství. Ženy, které otěhotní po selhání antikoncepce s nouzovou antikoncepcí obsahující vysoké hladiny estrogenu, také čelí zvýšenému riziku mimoděložního těhotenství.