Точните причини за извънматочната бременност остават неясни, въпреки че основният фактор, допринасящ за това, вероятно са аномалии на маточните тръби.
Пациентки с анамнеза за хроничен салпингит, апендицит, туберкулоза на таза, перитонит или ендометриоза могат да развият сраствания, стесняване или частични блокажи на маточните тръби, което увеличава риска от извънматочна бременност.Освен това, недоразвитите маточни тръби могат да попречат на нормалното развитие на оплодената яйцеклетка. Вродени аномалии като дивертикули на маточните тръби или допълнителни фимбрии също могат да допринесат за извънматочната бременност.
Когато аномалиите на маточните тръби не са причината, извънматочната бременност може да бъде резултат от мигриране на оплодената яйцеклетка. След оплождането в една маточна тръба, оплодената яйцеклетка може да премине през маточната кухина в противоположната тръба, да се имплантира там или да мигрира в коремната кухина. Продължителната миграция позволява на развиващия се ембрион да се уголеми, което може да доведе до тръбна бременност. Неуспехът на контрацептивите е друг фактор, който допринася за това.
Много жени днес използват вътрематочни спирали (ВМС) за контрацепция, което обикновено се нарича „поставяне на ВМС“. Ако обаче контрацепцията с ВМС се провали, рискът от извънматочна бременност се увеличава.Някои контрацептивни хапчета с по-ниски дози прогестоген също могат да причинят анормални контракции на маточните тръби, което води до извънматочна бременност. Жените, които забременяват след неуспех на контрацепцията с спешна контрацепция, съдържаща високи нива на естроген, също са изложени на повишен риск от извънматочна бременност.