肉毒桿菌毒素屬劇毒物質，人體致死劑量為2500至5000單位。然而除皺整形僅使用50至100單位，僅達致死劑量的1%至2%，由此可知其安全性已獲保障。
此安全性不僅取決於肉毒桿菌注射劑量是否過量，更與注射手法及部位密切相關。例如額頭皺紋注射需格外謹慎，應距離眉毛3公分處施打。若距離過近，可能導致患者無法睜眼，甚至造成眉毛呈現「掃帚狀」下垂。無執照生活美容院的「美容師」因缺乏解剖學知識，常出現注射部位不準確、濃度過高或劑量過量等問題，導致眼瞼下垂、眉毛下垂、局部腫脹等現象頻發，甚至有人注射後出現複視症狀。若在面部過度注射，更可能引發吞嚥困難。因此，為確保安全性，必須由專業整形外科醫師執行施打。
此外，肉毒桿菌素屬生物製劑，施打時必須確保無菌環境。目前市面流通的偽造品來源不明，國內曾因製造環境問題，發生使用偽造品後注射部位潰瘍化的案例。
宣稱單次注射肉毒桿菌即可年輕十歲實屬誇大。然而注射後若能改善皺紋、重拾自信，並持續進行醫療級日常保養，確實能長期維持肌膚年輕狀態。
肉毒桿菌素在國內外均屬處方藥範疇。判別處方藥的關鍵在於是否具備國家藥品監督管理局核發的「國藥准字」批准文號。國內銷售藥品無論內外包裝，無論錠劑或注射劑，皆須標示此批准文號。注射劑則於藥瓶標籤右上角及外包裝右上角標註「國藥○○號」，此編號可於國家藥品監督管理局官網核實。我國藥品監管極為嚴格，至今仍可見假藥偽造國藥准字編號時，盜用材料編號並以阿拉伯數字偽裝之案例。正規肉毒桿菌素的管理機制極為嚴密。目前國內經國家食品藥品監督管理局核准、具美容適應症的肉毒桿菌素，僅有美國艾爾建公司生產的BOTOX（保妥適）。保妥適僅與國內公立、私立醫院及具美容整形資格的醫療機構合作推廣與宣傳，絕不與美容院或藥局進行合作銷售。因此，若於美容院或藥局購得此藥品，必屬仿冒品或偽造品。
特別注意事項：肉毒桿菌素除皺整形屬國家嚴格管制項目，生活美容院及無醫療執照的整形診所均不得實施此項療程。
肉毒桿菌除皺注射雖無年齡限制，但孕婦、哺乳期婦女、重症肌無力症／多發性硬化症患者、眼瞼下垂症患者、腎上腺疾病患者、患有心臟／肝臟／腎臟等內臟疾病者，以及對肉毒桿菌過敏者皆不得使用。