Ciąża molowa wiąże się z proliferacją komórek trofoblastycznych, wytwarzających znaczne ilości HCG. Stężenie HCG w surowicy jest znacznie wyższe niż obserwowane w normalnej ciąży w odpowiednim wieku ciążowym. Różnica ta może zatem służyć jako pomocniczy wskaźnik diagnostyczny. Jednak szczytowe wydzielanie HCG w normalnej ciąży występuje między 60 a 70 dniem, co może zbiegać się z początkiem ciąży molowej i utrudniać diagnozę. Ciągłe monitorowanie HCG lub równoczesne badania ultrasonograficzne mogą ułatwić rozróżnienie.
2. Cytometria przepływowa (FCM)
Kariotyp chromosomowy całkowitej mola wodniakowatej jest diploidalny, natomiast kariotyp mola częściowego jest triploidalny.
3. Badanie ultrasonograficzne
W prawidłowej ciąży worek ciążowy staje się widoczny w 4–5 tygodniu ciąży. Aktywność serca jest wykrywalna w 6–7 tygodniu, a najwcześniejsze bicie serca płodu można rozpoznać w 6 tygodniu. W 12 tygodniu bicie serca płodu jest stale słyszalne.W przypadku molów wodniakowatych w jamie macicy widoczne są grube punktowate lub przypominające płatki śniegu wzory. Nie widać worka ciążowego, nie można też wykryć struktur płodu ani aktywności serca. Słychać tylko szmery przepływu krwi w macicy, bez bicia serca płodu.