Η μοριακή κύηση περιλαμβάνει τον πολλαπλασιασμό των τροφοβλαστικών κυττάρων, τα οποία παράγουν σημαντική ποσότητα HCG. Οι συγκεντρώσεις HCG στον ορό είναι σημαντικά υψηλότερες από αυτές που παρατηρούνται σε φυσιολογικές κυήσεις στην αντίστοιχη ηλικία κύησης. Αυτή η διαφορά μπορεί επομένως να χρησιμεύσει ως βοηθητικός διαγνωστικός δείκτης. Ωστόσο, η μέγιστη έκκριση HCG σε φυσιολογική κύηση συμβαίνει μεταξύ 60-70 ημερών, ενδεχομένως επικαλύπτοντας την έναρξη της μοριακής κύησης και περιπλέκοντας τη διάγνωση. Η συνεχής παρακολούθηση της HCG ή οι ταυτόχρονες υπερηχογραφικές εξετάσεις μπορούν να διευκολύνουν τη διαφοροποίηση.
2. Κυτταρομετρία ροής (FCM)
Ο χρωμοσωμικός καρυότυπος μιας πλήρους υδατιδώδους μύλης είναι διπλοειδής, ενώ αυτός μιας μερικής μύλης είναι τριπλοειδής.
3. Υπερηχογραφική εξέταση
Σε φυσιολογικές εγκυμοσύνες, ο αμνιακός σάκος γίνεται ορατός στις 4-5 εβδομάδες κύησης. Η καρδιακή δραστηριότητα είναι ανιχνεύσιμη στις 6-7 εβδομάδες, με τον πρώιμο εμβρυϊκό καρδιακό παλμό να είναι αναγνωρίσιμος στις 6 εβδομάδες. Μέχρι τις 12 εβδομάδες, ο εμβρυϊκός καρδιακός παλμός είναι σταθερά ακουστός.Στις υδατιδώδεις μύλες, η κοιλότητα της μήτρας παρουσιάζει χονδροειδή σημειακά ή χιονονιφάδα-όμοια μοτίβα. Δεν είναι ορατός ο αμνιακός σάκος, ούτε είναι ανιχνεύσιμες οι εμβρυϊκές δομές ή η καρδιακή δραστηριότητα. Ακούγονται μόνο οι θόρυβοι της ροής του αίματος στη μήτρα, χωρίς εμβρυϊκό καρδιακό παλμό.