兒童急性腸炎多發於兩歲以下嬰幼兒，主要症狀為腹瀉，成因包含飲食失當及腸道內外感染。其中腸道內感染以致病性大腸桿菌腸炎最為常見。人工餵養嬰兒的發病率高於母乳哺育嬰兒，除動物乳製品污染風險外，亦與母乳中促進雙歧桿菌增殖的黏多醣類物質有關。雙歧桿菌能抑制大腸桿菌增殖。
腸道感染除細菌性痢疾、霍亂、鼠傷寒等外，其他細菌性、病毒性、寄生蟲性、真菌性及不明原因感染性腹瀉皆可統稱為腸炎。
若未滿兩歲嬰幼兒於秋冬季節罹患流行性腹瀉，且出現蛋清狀或白色水樣便且無膿血便，極可能為輪狀病毒腸炎。夏季發病則多為大腸桿菌所致。若糞便混有黏液或膿血，應考慮細菌性痢疾、空腸彎曲菌或傷寒沙門氏菌引起的腸炎。
輕症腹瀉時應避免食用難消化食物及高脂肪飲食，暫時改以米湯、豆漿、優格、脫脂乳品補充。母乳哺育者需縮短哺乳時間。重症腹瀉患童應立即送醫。居家治療輕症腹瀉者，可給予口服補液鹽，每袋溶於500毫升清水，分次少量飲用。輕度脫水時每日每公斤體重補充50毫升，中度脫水時則為80至100毫升。待嘔吐腹瀉症狀緩解後3至4日，再逐步恢復正常飲食。
兒童腸炎若條件許可，建議進行糞便檢查與培養檢測以確立診斷。若為大腸桿菌性腸炎，可選擇以下治療方案：每日分3～4次口服多粘菌素B（每公斤體重5～10萬單位），或每日分3～4次口服卡那黴素（每公斤體重50毫克）。治療期間應控制在7日內，以避免腸道菌叢失衡。
針對彎曲桿菌性腸炎，可口服紅黴素，劑量為每公斤體重30～50毫克/日，分3～4次服用。
真菌性腸炎則使用克霉唑，劑量為每公斤體重20～60毫克/日，分3次口服。
病毒性腸炎若抗生素無效時，漢方製劑「卓丹止瀉靈」具療效。建議1～3歲兒童每次5毫升、每日3次；3～7歲兒童每次10毫升、每日3次。