Ostre zapalenie jelit jest częstym schorzeniem u niemowląt poniżej drugiego roku życia, objawiającym się głównie biegunką. Może być spowodowane nieodpowiednią dietą lub infekcjami wewnątrz lub na zewnątrz przewodu pokarmowego. Infekcje jelitowe są najczęściej wywoływane przez patogenne zapalenie jelit wywołane przez Escherichia coli.Niemowlęta karmione mlekiem modyfikowanym są bardziej podatne na choroby niż niemowlęta karmione piersią. Wynika to częściowo z większej podatności mleka zwierzęcego na zanieczyszczenia, ale ma również związek z obecnością w mleku matki mukopolisacharydów, które sprzyjają rozwojowi bakterii z rodzaju Bifidobacteria. Bakterie z rodzaju Bifidobacteria hamują rozwój bakterii Escherichia coli.
Oprócz czerwonki bakteryjnej, cholery i duru brzusznego, inne bakteryjne, wirusowe, pasożytnicze, grzybicze i idiopatyczne biegunki zakaźne można określić mianem zapalenia jelit.
U dzieci poniżej drugiego roku życia epidemiczna biegunka występująca jesienią lub zimą, z białymi, wodnistymi stolcami przypominającymi zupę jajeczną, bez ropy lub krwi, silnie sugeruje zapalenie jelit wywołane przez rotawirusy.Jeśli występuje latem, bardziej prawdopodobne jest zakażenie Escherichia coli; stolce zawierające śluz lub krew powinny skłaniać do rozważenia czerwonki bakteryjnej, Campylobacter jejuni lub zapalenia jelit wywołanego przez Salmonella typhimurium.
W przypadku łagodnej biegunki należy unikać pokarmów trudnych do strawienia i diet wysokotłuszczowych. Tymczasowo należy spożywać wodę ryżową, mleko sojowe, jogurt lub mleko odtłuszczone. Niemowlęta karmione piersią powinny mieć krótsze sesje karmienia.Dzieci z ciężką biegunką wymagają natychmiastowej hospitalizacji. W łagodnych przypadkach leczonych w domu należy podawać doustne sole nawadniające: rozpuścić jedną saszetkę w 500 ml wody i podawać w małych, częstych dawkach. W przypadku łagodnego odwodnienia należy podawać 50 ml na kg masy ciała dziennie; w przypadku umiarkowanego odwodnienia 80–100 ml na kg dziennie. Stopniowo powrócić do normalnej diety 3–4 dni po ustąpieniu wymiotów i biegunki.
W miarę możliwości należy przeprowadzić analizę lub posiew kału w celu potwierdzenia rozpoznania zapalenia jelit u dzieci. W przypadku zapalenia jelit wywołanego przez Escherichia coli należy podawać polimyksynę B w dawce 50 000–100 000 jednostek na kilogram masy ciała dziennie, podzieloną na 3–4 dawki; alternatywnie można stosować kanamycynę w dawce 50 mg na kilogram masy ciała dziennie, podzieloną na 3–4 dawki doustne. Czas trwania leczenia nie powinien przekraczać 7 dni, aby zapobiec dysbiozie.
W przypadku zapalenia jelit wywołanego przez Campylobacter jejuni można podawać erytromycynę etylosukcynian w dawce 30–50 mg na kilogram masy ciała dziennie, podzielonej na 3–4 dawki.
W przypadku grzybiczego zapalenia jelit można podawać klotrimazol w dawce 20–60 mg na kilogram masy ciała dziennie, podzielonej na 3 dawki doustne.
W przypadku wirusowego zapalenia jelit, gdy leczenie antybiotykami okazuje się nieskuteczne, można podawać chiński lek patentowy Zhuodan Zhixieling: 5 mililitrów na dawkę, trzy razy dziennie dla dzieci w wieku 1–3 lat; 10 mililitrów na dawkę, trzy razy dziennie dla dzieci w wieku 3–7 lat, co zapewnia optymalną skuteczność.