去皮蓮藕因氧化易變色，應置於密封容器或覆蓋保鮮膜冷藏保存。
水浸冷藏法
另一種防變色方式是將去皮荸薺放入深容器，注入足量清水使表面完全浸沒後冷藏保存。
但此法會使風味減淡，建議於1～2日內食用完畢。
蒸製保存法
除鮮食外，可將去皮荸薺蒸熟或煮熟後徹底烘乾表面水分，再置於冷藏室保存。若需長期保存，請將加熱後的荸薺移入冷凍室。
泛黃荸荠能否食用
1、去皮後因氧化泛黃的荸荠可食用。去皮荸荠因酚類化合物氧化為醌類化合物導致表面泛黃，此狀態仍具食用性。亦可切除泛黃部位後食用。
2、去皮後出現黃變的水藕不宜食用。水藕易感染「水藕瘟」病害，此為黃變主因，為安全起見應避免食用。
3、常規水藕長期儲存導致殼內側黃變時，亦建議勿食。此為水藕變質腐壞的徵兆，食用將危害健康。
食用去皮保存荸薺注意事項
1、去皮荸薺營養成分會持續流失，營養價值大幅降低，請勿長期保存，應盡快食用。
2. 切勿將去皮荸荠與帶皮荸荠混放。荸荠生長於泥水中，帶皮表面附著大量細菌。若與去皮荸荠混放易造成污染，務必分開存放。
3、浸水保存的荸荠建議於1～2日內食用完畢。水分會帶走荸荠內部糖分、礦物質、水溶性維生素及荸荠英等有效成分，故不適合長期保存。
4、若剝皮後發現荸薺內部有黃色部位，請勿食用，此現象可能代表荸薺已患病或腐壞。
注意事項
荸薺具寒性，應避免一次大量食用。建議以中等大小荸薺約5顆為基準，每日攝取量不超過100公克，以預防身體不適。