母乳是嬰兒最理想的營養來源。世界衛生組織（WHO）建議至少進行六個月的純母乳哺育。對於家族有過敏史的嬰兒，純母乳哺育更能預防牛奶過敏發生。
然而，即使接受純母乳哺育的嬰兒，仍可能出現反覆吐奶、持續性腹瀉／便秘／血便等牛奶過敏症狀。可能成因之一是孕期母親大量攝取雞蛋、牛奶、甲殼類等食物所引發的「子宮內感作」。哺乳期間若母親大量攝取牛奶、雞蛋、甲殼類等食物蛋白質，這些食物過敏原可能透過母乳傳遞給嬰兒，進而誘發牛奶過敏。
母乳哺育期間，母親需調整飲食內容並嚴格避免乳製品。若仍無改善，醫師可能建議使用完全不含牛乳蛋白的替代品（例如：100%游離胺基酸配方奶粉「紐康特」）。紐康特為真正低過敏原配方，專為牛乳過敏嬰兒研發。
母乳哺育期間發生牛奶過敏時，母親飲食注意事項：
避免過敏原
哺乳期母親須徹底記錄飲食內容，特別需留意高過敏原食物（雞蛋、牛奶、花生、大豆、堅果類、小麥、魚貝類）。因約半數牛奶過敏嬰兒會併發其他食物過敏。
用藥謹慎原則
若因疾病需用藥，務必詳閱說明書：首先確認哺乳期母親可否使用，其次注意過敏體質者的用藥限制與禁忌。即使說明書未載明，仍須於哺乳後觀察嬰兒是否出現異常反應，因無法排除個別案例發生可能性。
嬰兒食物過敏判斷方式
哺乳期母親應避免攝取辛辣刺激物及過度寒涼食物。若母乳哺育期間嬰兒出現過敏症狀，母親可嘗試暫停攝取牛奶、雞蛋、堅果類、豆類、海鮮等可能引發過敏的食物。停止特定食物攝取後，若嬰兒過敏症狀改善，可逐項重新攝取並觀察致敏來源。一旦確認過敏原，建議至少避免攝取六個月。