母乳は赤ちゃんにとって最も理想的な栄養源です。世界保健機関（WHO）は、少なくとも6ヶ月間の完全母乳育児を推奨しています。特に家族にアレルギー歴がある赤ちゃんの場合、完全母乳育児は牛乳アレルギーの発症を予防できます。
しかし、完全母乳育児の赤ちゃんでも、繰り返す吐乳、持続的な下痢・便秘・血便などの牛乳アレルギー症状が現れることがあります。考えられる原因として、妊娠中に母親が卵、牛乳、甲殻類などを大量に摂取したことで生じる「子宮内感作」が挙げられます。授乳期に母親が牛乳、卵、甲殻類などの食物タンパク質を大量に摂取すると、これらの食物アレルゲンが母乳を通じて赤ちゃんに伝わり、牛乳アレルギーを引き起こす可能性があります。
母乳育児中の赤ちゃんには、母親が食事内容を変更し、乳製品を厳格に避ける必要があります。それでも効果が得られない場合、医師は牛乳タンパク質を完全に含まない代替品（例：100%遊離アミノ酸配合粉ミルク「ニュカント」）の使用を提案することがあります。ニュカントは真の低アレルゲン処方であり、牛乳アレルギーの赤ちゃん専用に開発されています。
母乳育児中の牛乳アレルギー発生時、母親の食事上の注意点：
アレルゲンの回避
授乳中の母親は食事記録を徹底し、特に高アレルゲン食品（卵、牛乳、ピーナッツ、大豆、ナッツ類、小麦、魚介類）に注意が必要です。牛乳アレルギーの乳児の50％が他の食物アレルギーを併発するためです。
薬物使用の慎重さ
病気で薬が必要な場合、説明書をよく確認し、まず授乳中の母親が使用可能か、次にアレルギー体質の場合の使用制限や禁忌に注意してください。説明書に明記されていなくても、授乳後に赤ちゃんに異常反応がないか観察が必要です。個別の事例が存在する可能性を排除できないためです。
赤ちゃんの食物アレルギーの判断方法
授乳中の母親はまず、辛い刺激物や過度に体を冷やす食品を摂取しないようにしましょう。母乳育児中に赤ちゃんにアレルギー症状が現れた場合、母親は牛乳、卵、ナッツ類、豆類、魚介類などアレルギーを引き起こす可能性のある食品の摂取を一時的に中止してみてください。特定の食品摂取を中止した後、乳児のアレルギー症状が改善した場合、一つずつ再摂取し、どの食品がアレルギーを引き起こしたかを観察します。アレルギーの原因食品が特定されたら、6か月間は避けるのが最善です。