黑木耳富含碳水化合物、蛋白質、鐵質、鈣質、維生素等營養素，營養價值極高。同時因其蘊含豐富植物性膠原蛋白成分且具強效吸附作用，能溶解並氧化誤食的穀物硬殼、毛髮、沙粒等難消化異物。因此，常食黑木耳可期待其清潔消化道、淨化腸胃之功效，尤其對從事礦石開採、冶金、棉紡毛紡等空氣污染嚴重的行業工作者，更能發揮卓越的健康維護效果。
此外，中國研究指出，高血壓與高脂血症患者每日攝取3克乾燥黑木耳烹製的料理，可將腦中風與心肌梗塞發生風險降低三分之一。宋新指出，此現象源於黑木耳具備抑制血小板凝集、降低血液凝固之功效，其作用相當於腸溶性阿斯匹靈，故有「食品阿斯匹靈」之稱。
然而山東省食品專家指出，部分不良業者為欺騙消費者，常將普通地耳（將地耳菌接種於鋸屑或稻草上人工繁殖）經染色後偽裝成黑木耳。一般地耳是將地耳菌撒於鋸屑或稻草上人工繁殖而成，有時也會在潮濕處自然生長。其營養價值近乎為零，成本極低。產地價格僅十餘元人民幣一斤（約500克），經染色後便能變身營養豐富的「黑木耳」，每斤售價可達50至60元人民幣。造假者通常將地耳投入盛有熱水的鐵鍋，加入適量墨汁，便能將原本黃褐色的地耳轉變為黑色「黑木耳」。目前此類假冒黑木耳多透過網路銷售，真正販售黑木耳的網店僅限「山貨吧」等極少數平台。
此外，黑木耳具有極強吸溶性，易吸收糖分、鹽分等其他物質。部分不法業者常以化學藥劑硫酸鎂浸泡，藉此增加黑木耳重量。此舉可能使一斤（約500克）黑木耳「增重」達兩至三斤（約1至1.5公斤）。然而作為瀉藥成分的硫酸鎂，嚴禁添加於食品中。
專家提醒消費者，黑木耳並非顏色越黑越好，可透過色澤辨別真偽：天然黑木耳表面呈黑褐色，背面為灰白色；野生地耳呈黃褐色；而浸泡硫酸鎂的木耳則兩面皆為黑褐色。同時，真黑木耳具天然清香，假貨則散發墨汁般異味。所謂「加工」黑木耳遇水浸泡，水質會迅速轉為墨色。此外，真木耳咀嚼時散發清香且滋味鮮美，而硫酸鎂浸泡品則苦澀難咽。