精子奇形率上升症可能導致不孕，以下說明發病時的治療方式。此症的治療不僅需醫師處置，患者配合亦不可或缺，唯有雙方協力方能獲得良好療效。
患者首先需探究精子奇形率上升的成因。例如：吸菸、過量飲酒、飲食偏食、穿著過緊內褲、長時間久坐等。因此要求患者戒菸戒酒。飲食需均衡豐富，補充人體必需微量元素，維持營養平衡。穿著寬鬆內衣、避免久坐、增加運動量以促進全身血液循環。避免桑拿或高溫泡澡、杜絕不潔性行為、預防泌尿生殖系統感染。盡量避免自行用藥，須在醫師指導下服藥，並遠離有毒氣體與有害食品。中國中医科學院男性科主任郭軍指出，精子畸形率增高症通常由腎虛、血瘀、濕熱三者相互交織所致，臨床治療以「補腎活血、清熱利濕」為原則，可顯著改善症狀。針對重度精索靜脈曲張患者，建議先進行三個月促進血液循環、消除瘀血的中藥治療，若效果不彰再考慮手術治療。睪丸炎、附睪炎患者則需併用抗生素與清熱解毒的中藥治療。