許多人擔憂：經期性行為會引發陰道疾病，此說法是否屬實？對此專家指出：
經期性行為實屬常見現象。歷史上人們常將月經視為不祥之兆：西方甚至流傳經期女性製作香腸會腐壞、釀酒會變酸的迷信；某些族群規定經期女性必須居住於村外。中國則有新婚之夜，新郎發現新娘恰逢生理期便驚呼「不吉利」，認定此舉將招致厄運，甚至指責新娘故意作祟而施以暴力。所謂「撞上生理期」被視為對方蓄意招致厄運的行為。受此迷信影響，生理期性行為逐漸被視為禁忌。然而事實上，這類迷信完全缺乏科學依據。
後來西方醫學指出，生理期性行為可能引發生殖器感染。因經血存在會促進細菌繁殖，且子宮內膜剝離形成的巨大創面易引發細菌感染。此外，生理期女性免疫系統功能可能產生變化，導致抵抗力下降，亦被認為易誘發子宮內膜異位症等病症。中國古代亦有類似論述，記載「月事未絕而交合，則生病」。
然而現代西方社會已無此等嚴苛禁忌，普遍認為經期性行為並無問題。惟近年因愛滋病流行，限制觀念再度受到重視，已無法斷言完全無禁忌。現階段研究尚未證實經期性行為與感染等問題存在絕對關聯性，只要注意衛生，未必會感染或引發更嚴重問題；反之，若疏於衛生管理，即使非經期也可能感染。
當然，生理期是否進行性行為純屬個人偏好，無需人為規定可否。研究顯示確實存在僅在生理期產生性慾的女性，此屬正常生理現象，原因包含：(1)生理期骨盆腔充血增加，性興奮時亦產生類似充血反應；(2)完全排除懷孕可能，尤其能獲得安心感，使夫妻得以盡情享受。(3) 此時雌激素水平降至最低，體內雄激素水平相對上升。雄激素正是維持女性性慾最重要的物質基礎。另需特別注意：部分伴侶誤將月經期視為排卵期，僅在此階段進行性行為，事後求診不孕治療才驚覺徒勞無功。此認知誤區亟需及時修正。經期性行為時，保持適當的性衛生至關重要。原則上，經期性行為並非絕對禁忌。部分女性若意外發生此狀況可能感到不安，但需知感染風險高並不等於必然感染。惟需特別注意以下事項：(1)月經量過多、出現暈眩、倦怠、不適或焦躁等症狀的女性，宜避免性行為(2) 若女性強烈抗拒經期性行為，男性應避免強迫並保持自制。除上述情況外，只要注意衛生細節通常不會造成重大影響。同時專家強調，允許經期性行為絕非鼓勵此類行為。