まず妊娠を希望する女性は、避妊していない場合、安易に薬を服用すべきではありません。病気になった場合は避妊措置を講じ、特に月経後半期は薬の使用を極力避けるべきです。やむを得ず服薬する場合は、医師に「避妊していない状態で妊娠を計画中」であることを必ず伝えてください。
服薬中の予期せぬ妊娠を防ぐため、妊婦は基礎体温測定を推奨します。避妊失敗が判明した場合、医師は服薬時期と妊娠時期の関係から適切な助言が可能です。服薬中の妊娠継続可否については現在議論があります。一般的には、夫婦の年齢・妊娠の難易度・将来の子に対する希望など多角的な要素を考慮し、利害を天秤にかけて判断すべきとされています。
ただし、薬を服用していない妊婦でも異常児を出産する可能性はあり、逆に薬を服用した妊婦の子供が必ずしも異常とは限りません。しかしこの問題について、現在薬物がヒト胚に与える影響を証明する確かな方法は存在せず、全ての知見は動物実験に基づいています。一般的に、妊娠中の服薬、特に妊娠初期の服薬は可能な限り避けるべきであり、母親の健康に影響を与えないことを原則とすべきです。