IC治療模式係基於當前疾病成因之主導性理論之一或數種，直接建構而成。針對此臨床課題，已建立全面性、系統性且具實用性的臨床治療方案。
A：口服藥物療法
1、六糖酸鈉
本品為FDA核准治療IC之唯一藥物。其作用機制在於修復膀胱上皮的糖胺聚醣缺陷。文獻記載約30-40%患者症狀可改善40-50%。因可能需6個月至1年方顯效，建議長期口服治療。
2、抗組織胺藥物
抗組織胺藥物療效波動性高的現象，可透過前述病理生理學模型（肥大細胞脫顆粒僅是炎症反應及相關連鎖事件中的單一環節）加以解釋。羥肼類藥物建議睡前自10毫克起始，逐步遞增至最高75毫克。症狀緩解約需1至3個月。
3、抗憂鬱劑
抗憂鬱劑（三環類抗憂鬱劑、選擇性血清素再吸收抑制劑）的IC治療效果，主要源自其調節疼痛神經的作用。為將副作用降至最低，原則上應採取漸進式劑量增加。尤其當疼痛為主要症狀時，於疾病初期階段使用效果較佳。阿米替林（Elavil）通常於睡前以10毫克或20毫克起始，若耐受良好可增至75毫克。氟西汀鹽酸鹽（百憂解）起始劑量為20mg/日，必要時可增至40mg。舍曲林（樂復得）為另一種可選抗憂鬱劑，耐受性良好，起始劑量50mg/日，可增至100mg/日。抗抑鬱藥作用機制具多重面向：促進睡眠並減少夜間頻尿；透過提升疼痛閾值發揮神經調節作用；改善情緒狀態，並藉由對膀胱的抗膽鹼作用減輕膀胱肌不穩定所致之頻尿。
4、抗膽鹼能藥物及抗痙攣藥物
對於輕度症狀或合併膀胱不穩定之患者可望緩解疼痛，但對中重度症狀效果有限。「
B：膀胱內治療
1、二甲基亞碸（DMSO）
DMSO屬有機溶劑，具抗炎、鎮痛及肌肉鬆弛作用。同時具有膠原溶解效果，長期使用可能增加組織纖維化風險，且於數個治療週期後潛在誘發特異性與進行性耐受性。針對逾300名患者之既往病例回顧分析顯示，在低發病率情境下，相當數量的患者呈現良好反應（32）。本劑仍屬主要治療藥物，可望透過與氫化可的松、肝素、碳酸氫鈉併用以增強療效。
2、肝素
文獻記載膀胱內肝素緩釋注入對IC治療具療效。每日劑量為將10,000～20,000單位肝素溶解於10毫升生理食鹽水。症狀緩解期長短不一（2～6個月），經1～2年治療後可達最佳療效。其作用機制與六糖酸鈉相似，且肝素能恢復上皮細胞通透性。
3、半胱胺酸
文獻指出，半胱胺酸膀胱灌注能有效修復膀胱黏膜屏障層，減輕膀胱內有害物質對間質層的侵襲，從而降低頻尿、排尿痛等膀胱刺激症狀。膀胱灌注6至8次後開始顯現療效，IC患者的膀胱不適緩解總有效率高達70%至80%。針對反覆性尿路感染患者，長期膀胱灌流可降低復發風險，尤其對停經後反覆性尿路感染的高齡女性患者效果顯著。
C：肌力訓練
針對骨盆底肌的物理療法對IC患者具治療效果。其理論依據在於：骨盆底功能障礙作為起始事件，會引發膀胱壁神經性炎症及骨盆底肌張力亢進，兩者皆可能成為疼痛成因。針對10名IC患者實施筋膜物理療法：經陰道以手指按壓尿道周圍組織並進行側向牽引，隨後朝恥骨聯合方向按壓恥骨尿道肌，再經陰道實施後方牽引及恥骨陰道肌等容性收縮。
經平均19個月追蹤，其中7名患者報告中度至顯著（51-99%）的症狀緩解。無論是否伴隨尿意急迫／頻尿症候群（視為IC輕度症狀），疼痛患者均對此療法產生反應，約83%報告中度至顯著改善或完全緩解。經陰道Theile按摩療法對IC患者同樣有效，約90%患者於短期內獲得症狀緩解。
骶神經調節（膀胱起搏器）
近年採用膀胱起搏器的骶神經刺激療法應用於IC治療，展現令人鼓舞的成效。近期多中心研究證實，60%至80%患者的IC症狀（頻尿與疼痛）獲得顯著緩解。
其他研究者亦有類似報告，建議對難治性IC症狀或口服／陰道治療無效之患者考慮採用骶神經刺激療法。其作用機制雖未明，但背景可能與IC屬神經性膀胱炎有關。值得注意的是，前述IC患者體內兩種尿液標記物：肝素結合上皮生長因子（HB-EGF）與抗增殖因子（APF），在仙骨神經刺激緩解IC症狀後均恢復至正常水平。同時，仙骨神經調節對頑固性間質性膀胱炎引發的繼發性骨盆底肌痙攣所致骨盆疼痛亦展現良好療效。
D：外科治療
1、膀胱鏡檢查與水擴張術
如前所述，膀胱鏡檢查與水擴張術對部分患者具治療效果，約60%患者於4至12個月內症狀緩解。雖有證據顯示水擴張術後兩週尿液中HB-EGF濃度上升、APF濃度下降，其作用機制尚未釐清。
2、膀胱擴張術、膀胱全切除術及尿路重建術
膀胱擴張術、膀胱全切除術及尿路重建術，係針對症狀頑固且低侵襲性治療無顯著效果之患者之最終治療方案。多數患者在接受單純膀胱切除術或三角區上膀胱切除術＋腸道膀胱造口術後症狀可獲改善，然文獻記載極少數患者仍持續存在頑固性骨盆底疼痛。