黃連性寒味苦，俗稱「無聲之苦」，正為其滋味之寫照。常用於濕熱引起的腹脹、噁心嘔吐伴酸味、腹瀉黃疸、高熱意識混亂、心火亢進煩躁失眠、血熱導致鼻血嘔血、眼紅牙痛、癰腫疔瘡等症狀。外用對濕疹、口腔潰瘍、中耳炎等亦有良好療效。
黃連的副作用
漢方藥成分複雜，藥理作用更為繁複，以現今技術水準尚無法精確闡明黃連的副作用。惟可確定者，其副作用較為輕微。
黃連性味極苦且極寒，過量或長期服用易損傷脾胃，引發腹瀉並影響腸胃運化功能。進而導致食慾不振與消化不良。除非體內實熱，否則應謹慎使用。
黃連具清熱解毒、抑制炎症之效，對大腸桿菌等亦具抑制作用。雖可煎服，但脾胃虛寒者不宜服用。其苦味與燥性易耗損體液，陰虛體液不足者需特別注意。此乃其苦寒性質所致。
通常症狀緩解後應停藥，避免長期服用。飯後服用為佳。黃連劑量：輕症者每日2～3克，重症者每日5～6克。兒童因脾胃功能未發育完備，不可輕易服用。
黃連服用要點
中醫理論認為黃連具苦寒性質，能清熱燥濕、瀉火解毒，尤擅清胃熱、瀉胃火。臨床治療胃火牙痛所用之「清胃散」，即為以黃連為主藥之代表性方劑。
情緒不穩、焦躁感、睡眠品質下降、油膩飲食及重口味食物等，皆為誘發胃火的常見因素。當胃熱盛而化火時，會引發牙齦腫痛出血、口渴好飲冷飲、口苦、口臭等不適症狀，以及面部潮紅、大便乾結、舌質紅、舌苔黃等熱象徵兆。運用黃連清胃火時，可單獨研粉服用，亦可與其他中藥材煎煮服用。
胃熱旺盛者，可服用中藥「清胃黃連丸」，或煎煮黃連3克服用。更佳用法：將黃連研成細粉，取米或粟50克以適量清水煮成粥，取粥1.5克置杯中，加約100毫升米湯，加蓋焖蒸3分鐘。早晚空腹各服一次。以米糠水溶解黃連粉末之法，較直接水煎更為優越。因米糠水能護胃氣，可防黃連苦寒傷胃。
胃熱常態化者，遇惡劣情緒刺激易致肝氣鬱結，進而損傷脾胃，引發胃酸過多、胃脹、噁心等症狀。加黃連5克、吳茱萸3克、柴胡10克煎服，可清肝胃之熱。
黃連用藥禁忌
1、《本草經集注》：忌菊花、蕪菁、玄參、白鮮，畏款冬。
2.《藥性論》：忌白僵蚕，禁豬肉。
3.《蜀本草》：畏牛膝。
4.《本草綱目》：黃連性大吉大寒，用以降火燥濕。若病症相合應即停服，豈能長期服用而使殺伐之氣常行，損生發調和之氣？
5.《本草正》：黃連善瀉心脾實火。虛熱妄用必格陽。故寇宗荧曰「虛寒者慎用」。王海藏云：「夏月久血痢勿用黃連，陰在內也」。
6.《本草經疏》：患者若屬血少氣虛、脾胃虛弱，因血不足致驚悸失眠，兼有煩熱燥渴；或產後失眠、血虛發熱、腹瀉腹痛、小兒痘瘡、陽虛腹瀉、行漿後腹瀉、老人胃虛寒腹瀉、陰虛者晨間軟便（病名：腎泄）、真陰不足內熱煩躁等，此類症狀皆屬禁忌，誤用則有危險。
七、『本草新編』：黃連味苦、性寒、昇降兩用、屬陰、無毒。歸心與胞絡經。最能瀉火，亦入肝經。雖如引經藥般入諸經，然以心經為專經。能止嘔吐腹瀉、酸味嚥下，並解口渴。對火眼（結膜炎）極為有效，能安神止夢遺、鎮狂躁、除痞滿、消婦科陰門腫脹。治小兒食土所致疳症，解暑氣、濕熱、鬱熱，尤具專治之效。
注意事項：漢方藥亦具副作用，請遵醫囑服用。