加熱不足的雞蛋潛藏重大風險。生雞蛋不僅存在沙門氏菌污染問題，更含有抗酶蛋白與抗生物素蛋白兩種有害物質。前者阻礙蛋白質消化吸收，後者會與食物中的生物素結合，導致人體生物素缺乏症，引發倦怠感與肌肉疼痛等症狀。透過加熱烹調可徹底破壞這些物質。
此外，為避免營養流失可掌握以下訣竅：水量需完全覆蓋雞蛋，未浸沒部位的蛋白質不易凝固，影響消化吸收。烹煮前將雞蛋浸泡於冷水中降低內部氣壓，以中火從冷水開始加熱至沸騰，可避免蛋殼破裂導致營養流失。
水煮蛋看似簡單實則火候難控，時間過短蛋黃未熟，過長則蛋體過硬失味。對此北京大學第三醫院運動醫學研究所常翠青博士指出，其實掌握最佳時機很簡單：從冷水開始煮，沸騰後計時五分鐘，既能殺滅有害病原菌，又能相對完整保留營養。
若在沸水中煮超過10分鐘，蛋體內部將發生連鎖化學變化：蛋白質結構趨於緊密，難以接觸胃液中的蛋白質消化酶，導致消化困難。雞蛋蛋白質富含蛋氨酸，長時間加熱會分解出硫化物，與蛋黃中的鐵質反應形成人體難以吸收的硫化鐵，造成營養流失。