Nepopolnoma skuhana jajca predstavljajo znatno tveganje. Surova jajca vsebujejo ne le salmonelo, ampak tudi dve škodljivi snovi: antienzimske beljakovine in avidin. Prve ovirajo prebavo in absorpcijo beljakovin, druge se vežejo na biotin v hrani, kar pri ljudeh povzroča pomanjkanje biotina in simptome, kot so duševna utrujenost in mišična bolečina. Le temeljito kuhanje uniči te spojine.
Poleg tega lahko med kuhanjem uporabite naslednje tehnike, da zmanjšate izgubo hranil: jajca morajo biti popolnoma potopljena v vodo, saj se izpostavljene površine morda ne bodo pravilno strdile, kar vpliva na prebavljivost; jajca predhodno namočite v hladni vodi, da zmanjšate notranji pritisk; nato jih kuhajte na srednji temperaturi iz hladne vode, da preprečite razpokanje in izgubo hranil.
Kuhanje jajc se zdi preprosto, vendar je obvladovanje toplote in časa kuhanja pravi izziv. Pri premalo kuhanju ostane rumenjak nedopečen, pri preveč kuhanju pa jajce postane trdo in neokusno. Dr. Chang Cuiqing iz Inštituta za športno medicino Tretje bolnišnice Univerze v Pekingu pojasnjuje, da je doseganje optimalnih rezultatov pravzaprav precej preprosto. Jajca položite v hladno vodo, zavrite in kuhajte natanko pet minut. Ta metoda zagotavlja uničenje škodljivih patogenov, hkrati pa ohranja hranilne snovi relativno nepoškodovane.
Če jajca kuhamo več kot deset minut, pride do notranjih kemičnih sprememb. Beljakovinske strukture postanejo gostejše, kar ovira interakcijo z želodčnimi proteolitičnimi encimi in tako ovira prebavo. Beljakovine jajc, bogate z metioninom, med daljšim segrevanjem sproščajo žveplove spojine. Te reagirajo z železom v rumenjaku in tvorijo železov sulfid – spojino, ki jo človeško telo slabo absorbira – kar povzroči znatno izgubo hranilnih snovi.