Nedovarené vajcia predstavujú významné riziko. Surové vajcia obsahujú nielen salmonelu, ale aj dve škodlivé látky: antienzýmové proteíny a avidín. Prvé bránia tráveniu a vstrebávaniu bielkovín, druhé sa viažu na biotín v potravinách, čo spôsobuje nedostatok biotínu u ľudí a symptómy ako duševná únava a bolesti svalov. Iba dôkladné varenie tieto látky zničí.
Okrem toho je možné pri varení použiť nasledujúce techniky, aby sa minimalizovala strata živín: uistite sa, že vajcia sú úplne ponorené vo vode, pretože odkryté časti sa nemusia správne zraziť, čo ovplyvní stráviteľnosť; vajcia najskôr namočte do studenej vody, aby sa znížil vnútorný tlak; potom varte na strednom ohni zo studenej vody, aby sa zabránilo prasknutiu a úniku živín.
Varenie vajec sa môže zdať jednoduché, ale zvládnutie teploty a času varenia je náročné. Nedostatočné varenie spôsobuje, že žĺtok nie je dostatočne uvarený, zatiaľ čo prevarenie spôsobuje, že vajce je tvrdé a nechutné. Dr. Chang Cuiqing z Inštitútu športovej medicíny Tretej nemocnice Pekingskej univerzity vysvetľuje, že dosiahnutie optimálnych výsledkov je v skutočnosti celkom jednoduché. Vajcia vložte do studenej vody, priveďte do varu a varte presne päť minút. Táto metóda zaručuje elimináciu škodlivých patogénov a zároveň zachováva živiny relatívne neporušené.
Ak sa vajcia varia dlhšie ako desať minút, dochádza k vnútorným chemickým zmenám. Štruktúra bielkovín sa stáva hustejšou, čo bráni interakcii s proteolytickými enzýmami v žalúdku a tým sťažuje trávenie. Bielkoviny vajec, bohaté na metionín, uvoľňujú pri dlhšom zahrievaní zlúčeniny síry. Tie reagujú so železom vo vaječnom žĺtku a vytvárajú sulfid železitý – zlúčeninu, ktorú ľudské telo zle vstrebáva – čo má za následok významnú stratu živín.