Niedogotowane jajka stanowią poważne zagrożenie. Surowe jajka zawierają nie tylko salmonellę, ale także dwie szkodliwe substancje: białka antyenzymatyczne i awidynę. Pierwsza z nich utrudnia trawienie i wchłanianie białek, druga wiąże się z biotyną zawartą w pożywieniu, powodując u ludzi niedobór biotyny i objawy takie jak zmęczenie psychiczne i bóle mięśni. Tylko dokładne gotowanie niszczy te substancje.
Ponadto podczas gotowania można zastosować następujące techniki, aby zminimalizować utratę składników odżywczych: upewnić się, że jajka są całkowicie zanurzone w wodzie, ponieważ odsłonięte obszary mogą nie ulec prawidłowej koagulacji, co wpływa na strawność; namoczyć jajka wcześniej w zimnej wodzie, aby zmniejszyć ciśnienie wewnętrzne; następnie gotować na średnim ogniu od zimnej wody, aby zapobiec pękaniu i utracie składników odżywczych.
Gotowanie jajek może wydawać się proste, ale opanowanie temperatury i czasu gotowania okazuje się trudne. Niewystarczające gotowanie powoduje, że żółtko jest niedogotowane, a zbyt długie gotowanie sprawia, że jajko staje się twarde i niesmaczne. Dr Chang Cuiqing z Instytutu Medycyny Sportowej Trzeciego Szpitala Uniwersytetu Pekińskiego wyjaśnia, że osiągnięcie optymalnych rezultatów jest w rzeczywistości dość proste. Umieść jajka w zimnej wodzie, doprowadź do wrzenia i gotuj dokładnie przez pięć minut. Metoda ta zapewnia eliminację szkodliwych patogenów przy jednoczesnym zachowaniu składników odżywczych w stanie względnie nienaruszonym.
Jeśli jajka gotują się dłużej niż dziesięć minut, zachodzą w nich przemiany chemiczne. Struktury białkowe stają się gęstsze, co utrudnia interakcję z żołądkowymi enzymami proteolitycznymi, a tym samym utrudnia trawienie. Białka jajeczne, bogate w metioninę, podczas długotrwałego ogrzewania uwalniają związki siarki. Reagują one z żelazem zawartym w żółtku, tworząc siarczek żelaza — związek słabo przyswajalny przez organizm ludzki — co powoduje znaczną utratę wartości odżywczych.