Underkokte egg utgjør en betydelig risiko. Rå egg inneholder ikke bare salmonellasmitte, men også to skadelige stoffer: antienzymproteiner og avidin. Det første hindrer fordøyelsen og absorpsjonen av proteiner, det siste binder seg til biotin i maten og forårsaker biotinmangel hos mennesker og symptomer som mental utmattelse og muskelsmerter. Bare grundig koking ødelegger disse stoffene.
I tillegg kan følgende teknikker brukes under kokingen for å minimere tap av næringsstoffer: sørg for at eggene er helt nedsenket i vann, da utsatte områder kan unnlate å koagulere ordentlig, noe som påvirker fordøyeligheten; legg eggene i bløt i kaldt vann på forhånd for å redusere det indre trykket; kok deretter på middels varme fra kaldt vann for å forhindre sprekker og næringsstofflekkasje.
Å koke egg kan virke enkelt, men det er utfordrende å mestre varmen og timingen. Utilstrekkelig koking gjør at eggeplommen blir underkokt, mens overkokning gjør egget seigt og usmakelig. Dr. Chang Cuiqing fra Institutt for idrettsmedisin ved Peking University Third Hospital forklarer at det faktisk er ganske enkelt å oppnå optimale resultater. Legg eggene i kaldt vann, kok opp og tell nøyaktig fem minutter. Denne metoden eliminerer effektivt skadelige patogener samtidig som næringsstoffene bevares relativt intakte.
Hvis egg koker i mer enn ti minutter, skjer det kjemiske forandringer i egget. Proteinstrukturen blir tettere, noe som hindrer interaksjon med proteolytiske enzymer i magesekken og dermed hindrer fordøyelsen. Eggproteiner, som er rike på metionin, frigjør svovelforbindelser ved langvarig oppvarming. Disse reagerer med jern i eggeplommen og danner jernsulfid – en forbindelse som absorberes dårlig av menneskekroppen – noe som resulterer i betydelig tap av næringsstoffer.