加熱不十分な卵は危険が大きい。生卵にはサルモネラ菌汚染の問題があるだけでなく、アンチエンザイムプロテインとアンチビオチンプロテインという二種類の有害物質も含まれる。前者はタンパク質の消化吸収を妨げ、後者は食物中のビオチンと結合し、人体にビオチン欠乏症を引き起こし、倦怠感や筋肉痛などの症状を生じさせる。卵を加熱調理することで、これらの物質は破壊される。
さらに、栄養素の損失を防ぐために以下のコツを覚えておくとよい：水は卵が完全に浸かる量が必要。浸かっていない部分のタンパク質は凝固しにくく、消化に影響する。調理前に卵を冷水に浸して内部の気圧を下げる。中火で冷水から沸騰させれば、殻の割れを防ぎ栄養素の流出を避けられる。
ゆで卵は簡単そうに見えて火加減が難しく、時間が短すぎると黄身が生焼けになり、長すぎると卵が硬くなって美味しくなくなります。これについて北京大学第三病院運動医学研究所の常翠青博士は、実はゆで卵の最適なタイミングは簡単に把握できると説明しています。冷たい水から鍋に入れ、沸騰してから5分計れば、有害な病原菌を殺菌しつつ栄養素を比較的完全に保存できます。
沸騰したお湯で10分以上煮ると、卵内部で一連の化学変化が起こります。タンパク質構造がより密になり、胃液中のタンパク質消化酵素と接触しにくくなるため、消化が難しくなります。卵のタンパク質にはメチオニンが多く含まれており、長時間加熱すると硫化物を分解します。これが卵黄中の鉄と反応し、人体が吸収しにくい硫化鉄を形成するため、栄養損失が大きくなります。