Nedovařená vejce představují značné riziko. Syrová vejce obsahují nejen salmonelu, ale také dvě škodlivé látky: antienzymové proteiny a avidin. První z nich brání trávení a vstřebávání bílkovin, druhá se váže na biotin v potravinách, což u lidí způsobuje nedostatek biotinu a příznaky jako duševní únava a bolest svalů. Pouze důkladné vaření tyto látky ničí.
Kromě toho lze při vaření použít následující techniky, aby se minimalizovala ztráta živin: zajistit, aby byla vejce zcela ponořena ve vodě, protože odkryté části se nemusí správně srazit, což ovlivňuje stravitelnost; vejce předem namočit do studené vody, aby se snížil vnitřní tlak; poté vařit na středním ohni od studené vody, aby se zabránilo prasknutí a úniku živin.
Vaření vajec se zdá být jednoduché, ale správné načasování je náročné. Nedovařená vejce mají nedovařený žloutek, zatímco příliš vařená vejce jsou tuhá a nechutná. Dr. Chang Cuiqing z Institutu sportovní medicíny Třetí nemocnice Pekingské univerzity vysvětluje, že dosažení optimálních výsledků je ve skutečnosti docela jednoduché. Vejce vložte do studené vody, přiveďte k varu a přesně po pěti minutách je vyjměte. Tato metoda zajišťuje odstranění škodlivých patogenů a zároveň účinně zachovává živiny.
Pokud se vejce vaří déle než deset minut, dochází k vnitřním chemickým změnám. Struktura bílkovin se stává hustší, což brání interakci s proteolytickými enzymy v žaludku a tím i trávení. Bílkoviny ve vejcích, bohaté na methionin, při delším vaření uvolňují sloučeniny síry. Ty reagují se železem ve žloutku a vytvářejí sulfid železa – sloučeninu, která se špatně vstřebává do těla – což vede k významné ztrátě živin.