1、眼部損傷：眼睛是最畏懼強光的器官，過強光線可能導致暫時性失明。雷射作用原理即利用強光，其發射光線強度極高且發光色譜多元。包含綠光、黃光、紅光、紅外線等，這些光線對視網膜與角膜的傷害尤為嚴重。因此施術時必須配戴專用防護眼鏡，患者接受治療時閉眼並佩戴保護眼罩為最佳方式。
2、伴隨疼痛：雷射原理是透過高溫進行治療。如此高溫必然伴隨痛感。雖有說法稱雷射美容無痛，實則謬誤，僅是相較其他方式疼痛程度較低。尤其雷射除皺與除毛療程痛感輕微，類似橡皮筋彈擊肌膚的觸感。痛覺敏感者可在術前塗抹5%EMLA表面麻醉藥，能獲得良好鎮痛效果。至於雷射祛斑與皮膚再生療程，則可施打局部麻醉。
3、術後色素沉澱：雷射治療後的色素沉澱是當前備受關注的問題，雖發生機率不高，但一旦形成消退緩慢，可能需數月至1至2年時間。
4、疤痕：雷射色素治療若選擇適當能量，因皮膚損傷導致疤痕的風險極低。即使進行皮膚剝脫治療，經驗豐富的操作者亦能依據膚色變化調整剝脫深度，故不會留下疤痕。
5、皮膚灼傷：治療時若雷射能量過強，皮膚可能無法承受而產生紅腫、水泡，嚴重時甚至導致表皮下組織灼傷，造成無法修復的後果。