胎兒畸形不僅對家庭與社會造成沉重負擔，更使孕婦承受身心痛苦。因此預防畸形兒出生需採取根本性措施：
首先，認真接受婚前醫學檢查。若檢測出B型肝炎或性病等疾病，因均可能影響後代健康並導致胎兒畸形，應待痊癒後再行懷孕。
其次，做好孕前準備，避免意外懷孕，應有計劃地懷孕。進行必要檢測（例如：德國麻疹病毒檢測）。德國麻疹病毒感染可能導致胎兒先天性心臟病或先天性聽力障礙，可透過接種德國麻疹疫苗預防。懷孕三個月前開始服用「斯利安」葉酸錠，預防胎兒神經管缺陷。
第三，避免春季與冬季懷孕。此季節病毒活動旺盛，此時受孕胎兒的畸形發生率明顯高於夏秋季。
第四，懷孕後立即辦理產檢手冊並定期產檢。懷孕14～20週進行唐氏症篩檢，28週前完成超音波檢查等。透過這些檢查可於妊娠初期確認胎兒是否存在畸形。
第五，預防生殖器感染。生殖器感染主要由不衛生的性行為引發，因此規範性行為至關重要。若已確診應立即治療；孕婦若察覺分泌物異常，亦不應以懷孕為由拒絕服藥或隱瞞病情，應盡速就醫。