胎児奇形は家庭や社会に大きな負担をもたらすだけでなく、妊婦に精神的・肉体的な苦痛をもたらす。そのため、奇形児の発生を防ぐには、根本的な対策が必要である：
第一に、婚前医学検査を真剣に受け、検査で発見されたB型肝炎や性病などの疾患は、いずれも子孫の健康に影響を与え胎児奇形を引き起こす可能性があるため、治癒後に妊娠すべきである。
第二に、妊娠前の準備を整え、無計画な妊娠を避け、準備と計画を立てて妊娠すること。必要な検査（例：風疹ウイルス検査）を実施する。風疹ウイルス感染は胎児の先天性心疾患や先天性難聴を引き起こすため、風疹ワクチン接種で予防可能。妊娠3ヶ月前からは「スリエン」葉酸錠を服用し、胎児の神経管奇形を予防する。
第三に、春・冬季の妊娠を避けること。春・冬季はウイルスが活発なため、この時期に妊娠した胎児の奇形発生率は夏・秋季に比べて明らかに高い。
第四に、妊娠後すぐに周産期保健カードを作成し、定期検診を受けること。妊娠14～20週にはダウン症スクリーニング検査、28週前までに超音波検査などを実施する。これらの検査により妊娠初期に胎児の奇形有無を確認できる。
第五に、生殖器感染症の予防。生殖器感染症は主に不衛生な性行為によって引き起こされるため、性行為の規範化が重要である。既に診断されている場合は速やかに治療を受け、妊婦が分泌物の異常を自覚した場合も、妊娠を理由に服薬を拒否したり、病気を隠したりせず、速やかに医療機関を受診すること。