産地・科属の違い
木瓜はバラ科木瓜属の植物：本属植物には木瓜（木瓜海棠）、貼梗海棠（皺皮木瓜）などがあり、いずれも中国原産の温帯木本植物です。果実は食用・薬用に供され、花色も美しいことから観賞用としても利用されます。これらは伝統文化や詩歌に登場する木瓜であり、『詩経』の名句「投我以木瓜、報之以瓊琚」にも見られます。
バラ科のパパイヤと大きく異なるのは、一般的な熱帯果物であるパパイヤ（学名：Carica papaya）で、アブラナ目パパイヤ科の果実である。パパイヤは世界三大草本果樹の一つであり、肉質が柔らかく香り高く、一年中入手可能な熱帯の鮮果として人々に親しまれている。別名：蓬生瓜（ほうせいか）、万寿果（まんじゅか）、鉄脚梨（てつきゃくり）、海棠梨（かいとうり）。原産地はアメリカ大陸のメキシコ南部で、17世紀初頭に中国に導入され栽培が始まった。パパイヤの果皮は滑らかで美しく、果肉は厚く、香りが豊かで甘く美味しく、栄養価が高いことから、「百益の果実」「果物の王」「万寿瓜」などの雅称がある。
パパイヤも木に実る「瓜」であるため「木瓜」とも呼ばれるが、区別のため「番」の字が付けられることが多い。パパイヤはパパイヤ科に属する。植物の最も簡単な見分け方は、パパイヤには主幹のみで茎が分枝しない点である。果実を切った時、パパイヤの場合は種子が密集している。一方、木瓜を横切るとリンゴと同様に種子が5室に分かれて分布している。これは木瓜がリンゴやナシと同じバラ科リンゴ亜科に属するためである。
パパイヤの原産地はメキシコ南部および隣接する中米地域で、現在は主に東南アジアのマレーシア、フィリピン、タイ、ベトナム、ミャンマー、インドネシア、インド、スリランカ、中南米、西インド諸島、アメリカ合衆国のフロリダ、ハワイ、キューバ、オーストラリアに分布している。中国では主に広東省、海南省、広西チワン族自治区、雲南省、福建省、台湾省などに分布しています。
栄養の違い
青パパイヤと一般的な果物用パパイヤの違い：現在パパイヤは広西チワン族自治区でのみ盛産しています。パパイヤは一般的なパパイヤに比べて薬用価値が高く、パパイヤ酵素を豊富に含み、各種化粧品、スキンケア製品、食品、原料への加工に適しています。一般的なフルーツパパイヤは果物として食用され、パパイヤ酵素の含有量は比較的低い。青パパイヤと黄パパイヤの違い：青パパイヤとは未熟なパパイヤを指し、一般的にはフルーツパパイヤではなく未熟なパパイヤを指す。このパパイヤはパパイヤ酵素の含有量が高く、薬用価値がある。黄パパイヤは成熟したパパイヤである。青パパイヤには豊富なパパイヤ酵素、パパイヤプロテアーゼ、カゼインプロテアーゼ、カロテンなどが含まれ、17種類以上のアミノ酸と多様な栄養素を豊富に含有。栄養価が高く、百の益があり害のない果実の珍品である。
用途の違い
木瓜海棠は花色が華やかで樹形が良く、病害虫が少ないため、庭園緑化に適した樹種である。庭園の隅や林縁などに群植でき、春は花を、秋は果実を楽しむことができる。種子の含油率は35.99％、搾油率は30％で、無臭のため食用や石鹸原料として利用できる。果実は蒸煮後に蜜漬けに加工される。また薬用にも供されるが、薬効は極めて微弱である。薬効が乏しいことから、国家薬品監督管理局は2003年に通達を発出し、薬用を禁止した。花は砂糖漬けの調味料として用いられ、風味が優れている。樹皮にはタンニンを含み、タンニン樹脂を抽出できる。木材は堅牢で家具製作に適する。
パパイヤは生食・加熱調理・スライス乾燥保存が可能。葉は通年採取でき、生利用または乾燥保存できる。さらに果実はパパイヤキャンディ・ジャム・ドライフルーツ・缶詰に加工される。未熟果の実乳液はパパイヤ酵素を豊富に含み、タンパク質分解作用があり工業用途が極めて広い。パパイヤは移植から結実まで約6ヶ月しかかからず、単幹で直立し、年間を通じて開花・結実を繰り返す。果実の重さは1～3斤（約0.5～1.5kg）、1株あたりの年間生産量は約70斤（約35kg）、最高で1株あたり130斤（約65kg）に達する。果肉は厚く、香り豊かで甘く、栄養価が高い。特有のパパイヤ酵素は心を清め肺を潤すほか、消化促進や胃病治療に効果がある。また、パパイヤアルカロイドには抗腫瘍効果があり、リンパ性白血病細胞に対して強い抗癌活性を示す。パパイヤは貯蔵・輸送に強く、収穫後1～2ヶ月自然保存が可能。早期結実し、初年度から高収量（1ムーあたり2000斤以上）が期待でき、1ムーあたり250株を植栽する。