自然分娩雖具諸多優勢，但部分孕婦並不適合自然分娩，其陰道分娩成功率並不高。
一、「產科因素」
此類情況純粹基於胎兒與孕婦生理狀態不適合陰道分娩，具體包含以下狀況：
1、巨大兒
胎兒體重超過4000克，或頭圍（頭頂至後腦勺間距）超過9.5公分即屬巨大兒。胎兒過大將增加手術助產機率，可能導致胎兒臂神經叢損傷、鎖骨骨折、顱內出血、肩難產、新生兒窒息甚至死亡。對母體而言，可能引發重度軟產道裂傷、子宮破裂、尾骨骨折、尿失禁、糞失禁等併發症，同時提高剖腹產機率與感染風險。子宮收縮功能不全或分娩過程延長易引發產後出血。骨盆底組織損傷可能導致日後發生子宮脫垂。
2、胎位異常
通常指妊娠30週後胎兒在子宮內未處於正常位置的狀態，常見於腹壁鬆弛的初產婦及經產婦。胎位異常包含臀位、橫位、後頭位、面位等類型。臀位最為常見，橫位則對母體與胎兒的危險性最高。胎位異常會導致子宮收縮減弱、延長分娩過程，多數情況需採取手術分娩，易引發軟產道損傷，並增加產後出血與感染風險。胎頭長期壓迫軟產道可能引發缺血性壞死與剝離，進而形成生殖器瘻管。若發生阻產而延誤適當處置，恐導致子宮破裂危及母體生命。第二產程延長與手術分娩機率增加，使胎兒頭部長期受壓，可能引發顱內出血、新生兒痛苦及新生兒窒息。胎兒面部受壓變形，面部皮膚呈青紫色腫脹，尤以口唇最為明顯，此狀況將影響吸吮功能，嚴重時可能引發喉頭水腫，進而影響吞嚥與呼吸。
3、孕婦骨盆狹窄或傾斜
骨盆狹窄或傾斜指骨盆徑過短，或因形態異常導致骨盆腔空間低於胎先露部通過極限，阻礙胎先露部下降，影響分娩過程順暢進行之狀態。若為骨盆入口平面狹窄，易引發胎位異常，並誘發繼發性子宮收縮無力，導致分娩時間延長或停滯。中骨盆平面狹窄則會阻礙胎頭內旋運動，使胎頭長時間嵌頓於產道，壓迫軟組織引發局部缺血、水腫、壞死及剝離，產後可能形成生殖器瘻管。此外，早產破水及手術助產會提高感染風險。嚴重阻塞性難產若延誤適當處置，將引發子宮破裂前兆，最終導致子宮破裂危及母體生命。對胎兒而言，可能引發胎兒痛苦甚至死亡。因分娩時間延長、胎頭受壓及缺血性缺氧狀態，易誘發顱內出血。產道狹窄將增加手術分娩需求，使新生兒易發生分娩創傷與感染。
上述狀況可於自然分娩前經檢查確診，醫師將告知產婦不適合經陰道分娩，此時需改採剖腹產分娩。
二、「醫學性疾病」
部分孕婦因罕見醫學因素不適合自然分娩，具體包括：
4、妊娠合併心臟疾病
此為產科嚴重併發症，至今仍是孕產婦死亡主因。發生率約0.5～1.5%。妊娠導致子宮擴張、血容量增加，加重心臟負荷。分娩時子宮及全身骨骼肌收縮導致大量血液湧入心臟，加上產後循環血量增加，易誘發病變心臟發生心衰竭。同時，長期慢性缺氧可能導致胎兒子宮內發育遲緩或胎兒窘迫。心臟病患者能否安全度過妊娠分娩期取決於心臟功能，故對此類疾病需特別謹慎。
患有相關疾病的孕婦應事先選擇適當分娩方式。若心功能Ⅰ－Ⅱ級、胎兒體型偏小、胎位正常且子宮頸管狀態良好，可在嚴密監測下考慮經陰道分娩。若胎兒體型偏小、產道條件不良，或心功能達Ⅲ－Ⅳ級時，均應選擇預定剖腹產。
五、重症肝炎
妊娠期重症肝炎初期症狀包含食慾減退、厭惡油脂、頻繁嘔吐及腹脹，隨後可能出現倦怠感、皮膚黃染、尿液濃黃、消化道出血、腹水、意識混亂及嗜睡等徵象。以肝功能衰竭為基礎，因凝血功能障礙引發產後大出血、消化道出血、感染等併發症，最終導致肝性腦病變及肝腎綜合症，成為孕產婦死亡主要原因之一。妊娠期病毒性肝炎可經垂直感染傳播胎兒，其中B型肝炎母嬰傳染率尤高。病毒性肝炎與唐氏症發病率密切相關。若妊娠初期罹患病毒性肝炎，胎兒畸形發生率將約增加兩倍。流產、早產、死胎、死產及新生兒死亡率亦顯著上升。
6、特發性血小板減少性紫斑病
此病症為產科常見之血液系統併發症。妊娠前症狀可觀察到月經過多、牙齦出血等現象。
若妊娠晚期確診胎兒血小板減少症，為降低新生兒顱內出血風險，應避免陰道分娩並選擇剖腹產。
7、甲狀腺機能亢進症
妊娠晚期甲狀腺機能亢進症惡化時，除積極治療基礎疾病外，為預防甲狀腺危機，應優先選擇剖腹產。
8、嚴重生殖器感染
若存在尖銳濕疣等可能導致產道阻塞或經產道感染新生兒之風險，應優先選擇剖腹產術。
9、妊娠糖尿病
約佔孕婦5%之妊娠糖尿病，其最大威脅在於巨嬰分娩風險。自然分娩時可能需使用產鉗或真空吸引器輔助分娩。