Uporaba sojinega mleka ni priporočljiva za vse, saj ima hladilni učinek. Osebe s slabo prebavo, napenjanjem ali okvarjeno delovanjem ledvic naj zmanjšajo njegov vnos. Poleg tega sojino mleko pod vplivom encimov proizvaja pline, zato ni primerno za osebe, ki imajo napenjanje ali drisko.Soja vsebuje visoke ravni purinov in je uvrščena med hrano hladne narave. Zato naj se osebe s hladno konstitucijo, ki kažejo simptome, kot so protin, utrujenost, fizična šibkost ali duševna izčrpanost, izogibajo sojinemu mleku.
Sojinemu mleku se ne sme dodajati rjavega sladkorja, saj njegove organske kisline reagirajo s proteazami v mleku, kar povzroča denaturacijo beljakovin in usedanje, ki ovira absorpcijo. Bel sladkor tega učinka nima.Poleg tega lahko saponini v sojinem mleku raztopijo apnenčaste obloge v termoski steklenici, njihovo uživanje pa je lahko škodljivo za zdravje.
Sojino mleko je treba ne le zavreti, ampak tudi kuhati z odprtim pokrovom. To je potrebno, ker se škodljive snovi v sojinem mleku lahko izparijo s paro le, če je pokrov odprt.
Pomembno je opozoriti, da sojinega mleka nikoli ne smete uživati skupaj z antibiotiki, kot je eritromicin, saj lahko pride do antagonističnih kemijskih reakcij. Med pitjem sojinega mleka in jemanjem antibiotikov je treba ohraniti vsaj enourni interval.