O consumo de leite de soja não é universalmente recomendável, pois possui uma natureza refrescante. Aqueles que sofrem de indigestão, flatulência ou insuficiência renal devem minimizar a ingestão. Além disso, o leite de soja pode produzir gases sob ação enzimática, tornando-o inadequado para indivíduos que sofrem de inchaço ou diarreia.A soja contém altos níveis de purinas e é classificada como um alimento de natureza fria. Consequentemente, indivíduos com uma constituição deficiente em calor, que apresentam sintomas como gota, fadiga, fraqueza física ou exaustão mental, devem evitar o leite de soja.
Não se deve adicionar açúcar mascavado ao leite de soja, pois os seus ácidos orgânicos reagem com as proteases do leite, causando desnaturação e precipitação das proteínas, o que prejudica a absorção. O açúcar branco não apresenta esse efeito.Além disso, as saponinas presentes no leite de soja podem dissolver os depósitos de calcário dentro do termo, e consumir isso pode ser prejudicial à saúde.
O leite de soja não só deve ser levado à fervura completa, mas também cozido com a tampa aberta. Isso porque somente mantendo a tampa aberta as substâncias nocivas presentes no leite de soja podem evaporar com o vapor.
É importante observar que o leite de soja nunca deve ser consumido junto com antibióticos como a eritromicina, pois eles podem sofrer reações químicas antagônicas. Deve-se manter um intervalo de pelo menos uma hora entre beber leite de soja e tomar antibióticos.