Spożywanie mleka sojowego nie jest zalecane dla wszystkich, ponieważ ma ono właściwości chłodzące. Osoby z zaburzeniami trawienia, wzdęciami lub zaburzeniami czynności nerek powinny ograniczyć jego spożycie. Ponadto mleko sojowe powoduje powstawanie gazów pod wpływem działania enzymów, przez co nie jest odpowiednie dla osób cierpiących na wzdęcia lub biegunkę.Soja zawiera duże ilości puryn i jest klasyfikowana jako pokarm o właściwościach chłodzących. W związku z tym osoby z niedoborem ciepła, u których występują takie objawy, jak dna moczanowa, zmęczenie, osłabienie fizyczne lub wyczerpanie psychiczne, powinny unikać mleka sojowego.
Do mleka sojowego nie należy dodawać brązowego cukru, ponieważ zawarte w nim kwasy organiczne reagują z proteazami zawartymi w mleku, powodując denaturację białek i ich wytrącanie, co utrudnia ich wchłanianie. Cukier biały nie wykazuje takiego działania.Ponadto saponiny zawarte w mleku sojowym mogą rozpuszczać osady kamienia kotłowego w termosie, a spożywanie takich osadów może być szkodliwe dla zdrowia.
Mleko sojowe należy nie tylko doprowadzić do pełnego wrzenia, ale także gotować przy otwartej pokrywie. Dzieje się tak, ponieważ tylko przy otwartej pokrywie szkodliwe substancje zawarte w mleku sojowym mogą odparować wraz z parą.
Należy pamiętać, że mleka sojowego nie należy spożywać razem z antybiotykami, takimi jak erytromycyna, ponieważ mogą one wchodzić w antagonistyczne reakcje chemiczne. Pomiędzy spożyciem mleka sojowego a przyjęciem antybiotyków należy zachować co najmniej godzinę przerwy.