豆乳は万人に適しているわけではありません。豆乳は性質が寒性であるため、消化不良、げっぷ、腎機能の低下がある方は摂取を控えるのが良いでしょう。また、豆乳は酵素の作用でガスを発生させるため、腹部膨満感や下痢がある方も飲用を避けた方が無難です。大豆にはプリン体が多く含まれ、かつ体を冷やす性質を持つため、痛風症状、倦怠感、体力の低下、精神的な疲労感などの虚寒体質の方は豆乳を飲むのに適していません。
豆乳に黒砂糖を加えてはいけません。黒砂糖に含まれる各種有機酸が豆乳のタンパク質分解酵素と結合し、タンパク質を変性・沈殿させ、人体への吸収を妨げるためです。白砂糖ではこの現象は起こりません。
魔法瓶で豆乳を保温する習慣がありますが、これは推奨できません。魔法瓶の温湿環境は細菌繁殖に極めて適しているからです。さらに豆乳に含まれるサポニンは魔法瓶の水垢を溶かすため、摂取すると健康を害する恐れがあります。
豆乳は必ず沸騰させる必要があり、さらに煮沸中は必ず蓋を開けておく必要があります。蓋を開けることで豆乳中の有害物質が水蒸気とともに揮発するためです。
注意すべき点として、豆乳はエリスロマイシンなどの抗生物質と一緒に摂取してはいけません。両者は拮抗化学反応を起こすため、豆乳を飲んでから抗生物質を服用するまでの間隔は1時間以上空けるのが望ましいです。