Il consumo di latte di soia non è universalmente consigliabile, poiché la sua natura è rinfrescante. Chi soffre di cattiva digestione, flatulenza o funzionalità renale compromessa dovrebbe ridurne al minimo l'assunzione. Inoltre, il latte di soia produce gas sotto l'azione enzimatica, rendendolo inadatto a chi soffre di gonfiore o diarrea.I semi di soia contengono alti livelli di purine e sono classificati come alimenti di natura fredda. Di conseguenza, le persone con una costituzione fredda che presentano sintomi come gotta, affaticamento, debolezza fisica o esaurimento mentale dovrebbero evitare il latte di soia.
Lo zucchero di canna non dovrebbe essere aggiunto al latte di soia, poiché i suoi acidi organici reagiscono con le proteasi presenti nel latte, causando la denaturazione e la precipitazione delle proteine che ne compromettono l'assorbimento. Lo zucchero bianco non presenta questo effetto.Inoltre, le saponine presenti nel latte di soia possono sciogliere i depositi di calcare all'interno del thermos e il loro consumo può essere dannoso per la salute.
Il latte di soia non solo deve essere portato a ebollizione completa, ma anche cotto con il coperchio aperto. Questo perché solo tenendo il coperchio aperto le sostanze nocive presenti nel latte di soia possono evaporare con il vapore.
È importante notare che il latte di soia non deve mai essere consumato insieme ad antibiotici come l'eritromicina, poiché potrebbero verificarsi reazioni chimiche antagonistiche. È necessario mantenere un intervallo di almeno un'ora tra il consumo di latte di soia e l'assunzione di antibiotici.