Soijamaidon kulutus ei ole yleisesti suositeltavaa, koska se on luonteeltaan viilentävä. Niiden, joilla on huono ruoansulatus, ilmavaivat tai munuaisten vajaatoiminta, tulisi minimoida sen kulutus. Lisäksi soijamaito tuottaa kaasua entsymaattisen toiminnan seurauksena, minkä vuoksi se ei sovi henkilöille, jotka kärsivät turvotuksesta tai ripulista.Soijapavut sisältävät runsaasti puriineja ja luokitellaan kylmäluonteiseksi ruoaksi. Siksi henkilöiden, joilla on kylmäpuutteinen perustus ja oireita kuten kihti, väsymys, fyysinen heikkous tai henkinen uupumus, tulisi välttää soijamaitoa.
Soijamaitoon ei tule lisätä ruskeaa sokeria, koska sen orgaaniset hapot reagoivat maidon proteaasien kanssa aiheuttaen proteiinien denaturoitumisen ja saostumisen, mikä heikentää imeytymistä. Valkoisella sokerilla ei ole tätä vaikutusta.Lisäksi soijamaidon saponiinit voivat liuottaa termospullon kalkkikertymiä, ja niiden nauttiminen voi olla haitallista terveydelle.
Soijamaito on paitsi keitettävä täyteen kiehuvaksi myös keitettävä kannen ollessa auki. Tämä johtuu siitä, että vain kannen ollessa auki soijamaidon haitalliset aineet voivat haihtua höyryn mukana.
On tärkeää huomata, että soijamaitoa ei saa koskaan nauttia yhdessä erytromysiinin kaltaisten antibioottien kanssa, koska ne voivat aiheuttaa vastakkaisia kemiallisia reaktioita. Soijamaidon nauttimisen ja antibioottien ottamisen välillä on pidettävä vähintään tunnin väli.