Konzumace sójového mléka není všeobecně doporučována, protože má ochlazující účinky. Osoby trpící zažívacími potížemi, nadýmáním nebo poruchami funkce ledvin by měly jeho konzumaci omezit na minimum. Sójové mléko navíc může pod vlivem enzymů způsobovat nadýmání, proto není vhodné pro osoby trpící nadýmáním nebo průjmem.Sójové boby obsahují vysoké množství purinů a jsou klasifikovány jako potravina s chladivými účinky. Proto by se sójové mléko nemělo konzumovat osoby s chladivou konstituci, které trpí symptomy jako dna, únava, fyzická slabost nebo duševní vyčerpání.
Do sójového mléka by se neměl přidávat hnědý cukr, protože jeho organické kyseliny reagují s proteázami v mléce, což způsobuje denaturaci bílkovin a srážení, které zhoršuje vstřebávání. Bílý cukr tento účinek nemá.Kromě toho saponiny v sójovém mléce mohou rozpouštět usazeniny vodního kamene uvnitř termosky a jejich konzumace může být škodlivá pro zdraví.
Sójové mléko musí být nejen přivedeno k varu, ale také vařeno s otevřeným víkem. Pouze tak se mohou škodlivé látky v sójovém mléce odpařit spolu s párou.
Je důležité si uvědomit, že sójové mléko by se nikdy nemělo konzumovat společně s antibiotiky, jako je erythromycin, protože může docházet k antagonistickým chemickým reakcím. Mezi pitím sójového mléka a užitím antibiotik by měl být dodržen interval alespoň jedné hodiny.